animate

这些命令控制分子轨迹的动画，并用于从文件中读取和写入动画帧或Play/Pause/Rewind分子轨迹。

animate dup [|frame <number>] <molecule id>

复制分子molid的给定帧（默认为“now”），并将新帧添加到该分子中。

[|frame <number>]是可选择，而<molecule id>必须选择

animate dup 1

1是<molecule id1>

animate dup frame 2  1 

frame 2是第2帧

1是<molecule id1>

animate dup frame 2  frame 5 1  报错，没法输入两个frame

选项

• forward：向前播放动画。

• for：与forward相同。

• reverse：倒放动画。

• rev：与reverse相同。

• pause：暂停动画。

• prev：转到上一帧。

• next：转到下一帧。

• skip n：将步幅设置为n+1帧。

• delete all：从内存中删除所有帧。

• speed n：设置动画速度为n。

• style once：设置播放动画一次。

• style loop：设置为通过动画连续循环。

• style rock：设置连续播放动画向前和向后。

• styles：返回可用样式的列表。

• goto start：进入第一帧。

• goto end：转到最后一帧。

• goto n：转到坐标系n。

语法说明

animate [read|write] <file type> <filename>

    [|beg <num>] [|end <num>] [|skip <num>] [|waitfor <num/all>]

    [|sel <atom selection>] [|<molecule id>]

将分子数中的数据写入文件类型的文件名，从帧nb开始，以帧ne结束，步幅为ns。返回写入该文件的帧数；如果指定的帧数超过此数，则在后续VMD显示更新期间写入剩余帧。默认情况下，将在命令返回之前写入一帧。waitfor选项允许您指定在返回之前写入多少帧。等待参数nw可以是任意整数，也可以是all；选择nw小于0和选择全部相同。将原子选择的名称作为选择传递，只将选中的原子写入文件。

filename：文件名

file_type：文件类型

[beg nb]：开始帧数

[end ne]：结束帧数

[skip ns]：步幅帧数

[waitfor nw]：允许写入帧数

[|<molecule id>]：分子id

[|sel <atom selection>] 可以选择原子筛选的内容

animate  read pdb box.pdb 0 导入当前文件下的box.pdb到0id的最新帧

animate  read trr traj.trr beg 100 end 500 skip 20  0 可以导入轨迹里的帧数

animate  read trr traj.trr beg 1 end 100 skip 2 waitfor 20 0 

read是读      write是写

animate  write pdb work.pdb 0  把当前所有轨迹坐标生成到work.pdb上

animate delete [|beg <num>] [|end <num>] [|skip <num>] <molecule id>

删除分子数数据，从第nb帧开始，以第ne帧结束，并保留步幅为ns的帧（步幅为-1表示保留所有帧）。