gromacs处理分子间相互作用能

#!/bin/bash

###AB分别是单独物质，C是结合后命名

A=UNL

B=CHO

C=sysytem

#关于index.ndx文件先单独做，然后8 9 0从哪里了解到添加上去

echo -e 8 | gmx trjconv -f traj_comp.xtc -s topol.tpr -o $A.xtc -n 

echo -e 8 | gmx convert-tpr -s topol.tpr -o $A.tpr -n

gmx mdrun -s $A.tpr -rerun $A.xtc -e $A.edr

#78可以尝试一个看看，如果知道的话就直接用

echo -e 7 8 | gmx energy -f $A.edr -o $A-energy.xvg

echo -e 9 | gmx trjconv -f traj_comp.xtc -s topol.tpr -o $B.xtc -n 

echo -e 9 | gmx convert-tpr -s topol.tpr -o $B.tpr -n

gmx mdrun -s $B.tpr -rerun $B.xtc -e $B.edr

echo -e 7 8 | gmx energy -f $B.edr -o $B-energy.xvg

echo -e 0 | gmx trjconv -f traj_comp.xtc -s topol.tpr -o $C.xtc -n 

echo -e 0 | gmx convert-tpr -s topol.tpr -o $C.tpr -n

gmx mdrun -s $C.tpr -rerun $C.xtc -e $C.edr

echo -e 7 8 | gmx energy -f $C.edr -o $C-energy.xvg