measure1

measure avpos atomselect3 first 1 last 300 step 1 得到atomselect3选择的原子的从1至300帧之间的每个原子的平均位置

measure center atomselect3 weight mass   得到atomselect3的中心，用mass属性来作为权重参考。

measure contacts 5 atomselect3 atomselect4 得到在atomselect4中的任意原子的5埃范围内的atomselect3中的未与之成键的原子。如果只写一个atomselect3，则atomselect4等于atomselect3。

measure fit atomselect5 atomselect6 得到作用在atomselect5上，能使之与atomselect6的RMSD最小的4x4变换矩阵，可以套进atomselect0 move用

measure gofr  计算rdf等内容。见p103

measure sumweights atomselect7 weight mass  把atomselect7的所有原子的质量加起来。如果atomselect top protein，那么得到的就是蛋白质总质量，若charge，得到的就是总电荷。

measure hbonds 3.5 30 atomselect0 atomselect1  显示所有氢键，角度<30，距离<3.5A。!!!!!!如果两个atomselect都有，则认为0是donor，1是acceptor!!!!!!。得到的结果第一个列表是donor的index，第二个列表是acceptor的index，第三个是氢的index。两个atomselect都必须在一个ID内。donor可以是氢，也可以是氢连着的原子。

measure inverse {{1 2 3 4} { 2 5 6 8} { 8 3 5 6} { 1 4 6 2}}得到4*4矩阵的逆矩阵

measure rgyr atomselect0 weight mass      得到atomselect0的radius of gyration

measure minmax atomselect0        显示atomselect0里面x、y、z坐标最小和最大的原子坐标

measure rmsf atomselect0 first 50 last 100 step 2 得到atomselect0的每个原子从50帧到100帧的rmsf，两帧取样一次。可以省略selection后面的，默认为从头到尾，step=1。

measure rmsd atomselect0 atomselect1 weight mass  得到两个selection之间的rmsd并考虑质量权重，所选的这两个部分必须原子数相同。比如可以选不同的帧的同一个部分。

measure sasa 1.4 atomselect1  以1.4埃为探测球的半径，得atomselect1的SASA。还可以加[-points varname] [-restrict restrictedsel] [-samples numsamples]参数，见P104。得到的结果和mm_pbsa得到的输出文件的surface area项基本一致。用这个方法算，两个部分不能相加，比如1的sasa和2的sasa之和不等于1和2的总sasa

measure avpos selection [first first] [last last] [step step]

返回所选帧中每个选定原子的平均位置。如果没有提供第一、最后或步长值，将对所有帧进行计算。

vmd > measure avpos [atomselect top "resname OTF"]

{46.95000076293945 10.279999732971191 26.919998168945313} {49.23999786376953 12.359999656677246 28.78999900817871}

 {48.26000213623047 10.880001068115234 26.630001068115234} {48.369998931884766 12.469999313354492 27.75} 

{48.41999816894531 11.40999984741211 25.270000457763672} {49.369998931884766 10.069999694824219 27.15999984741211}

 {48.68000030517578 13.630000114440918 27.139999389648438} {47.16999816894531 12.769999504089355 28.280000686645508}

 {40.87999725341797 23.959999084472656 14.170000076293945} {39.73999786376953 23.459999084472656 11.199999809265137}

 {40.58000183105469 22.60999870300293 13.710000991821289} {40.70000076293945 22.720001220703125 11.789999961853027}

vmd > measure avpos [atomselect top "resname OTF"] first 20 last 200 step 5

measure center selection [weight weight]

使用给定的权重返回选择中原子的几何中心。可选的权重必须是none、原子选择关键字（如mass）或要用作权重的值列表（选择中的每个原子对应一个值）。如果weight缺失或没有，则所有的weight都取为1。

vmd > measure center [atomselect top "resname OTF"] weight mass

27.079668045043945 25.934782028198242 32.20362854003906

vmd > measure center [atomselect top "resname OTF"] weight none

27.111093521118164 25.63230323791504 32.24671173095703

measure cluster selection [num numclusters] [distfunc flag] [cutoff cutoff] [first first] [last last] [step step] [selupdate bool] [weight weight]

使用给定的权重为选择中的原子执行聚类分析（查找与给定距离函数相似的时间步的聚类）。

其实现基于质量阈值（QT）算法。有关该算法的更多详细信息，请参阅http://dx.doi.org/10.1101/gr.9.11.1106和维基百科上的聚类分析。通常，只有一小部分最大的集群是值得关注的。该实现考虑到了这一点，并将数据集的低内存消耗与多帧交换，以快速确定多个集群。

num关键字来调整要确定的集群数量（默认为5）

distfunc标志选择“距离函数”；

可用的选项有‘ rmsd ’（原子到原子距离的均方根），

fitrmsd（对齐后原子到原子距离的均方根）

rgyrd （旋转半径差）

cutoff定义了两个被认为相似的帧之间的最大距离值（默认值是1.0）。

weight标志允许使用原子属性，例如mass或radius，作为权重因子（默认是没有权重）。

该命令返回一个由numcluster + 1个列表组成的列表，每个列表包含属于大小递减的集群的轨迹帧索引列表。

最后一个列表包含剩余的未聚集的框架索引。

measure cluster selection [num numclusters] [distfunc flag] [cutoff cutoff] [first first] [last last] [step step] [selupdate bool] [weight weight]

vmd > measure cluster [atomselect top "resname OTF"] first 1 last 100 step 10

1 11 21 31 41 {51 61 71 81 91}

vmd > measure cluster [atomselect top "resname OTF"] num 1 first 1 last 100 step 10

1 {11 21 31 41 51 61 71 81 91}

vmd > measure cluster [atomselect top "resname OTF"] num 2 first 1 last 100 step 10

1 11 {21 31 41 51 61 71 81 91}

vmd > measure cluster [atomselect top "resname OTF"] num 3 first 1 last 100 step 10

1 {21 11 81} 31 {41 51 61 71 91}

vmd > measure cluster [atomselect top "resname OTF"] num 4 first 1 last 100 step 10

1 11 21 31 {41 51 61 71 81 91}

vmd > measure cluster [atomselect top "resname OTF"] num 5 first 1 last 100 step 10

1 11 21 31 41 {51 61 71 81 91}

最后一个{}是包含剩余的未聚集的框架索引，前面的个数=num的n，如果不设定默认为n=5，每个列表包含属于大小递减的集群的轨迹帧索引列表