measure3

measure hbonds cutoff angle selection1 [selection2]

用简单的几何标准找出给定选择中的所有氢键。供体和受体必须在截止距离内，供体、氢和受体形成的夹角必须小于180度。两种选择都只考虑非氢原子。

如果同时给出了selection1和selection2，则selection1被认为是供体，selection2被认为是受体。如果只给出一个选择，则选择中的所有非氢原子都被认为是供体和受体。

这两个选择必须来自同一分子。函数返回三个列表；每个表中的每个元素对应一个氢键。第一个表包含给体的序号，第二个表包含受体的序号，第三个表包含氢键中氢原子的序号。

已知问题：如果供体和受体选择共享一组原子，则化学键的输出不能被认为是100%准确的。

 measure hbonds 3.5 30 [atomselect top "resname SOL"]

measure inverse matrix

返回给定4x4矩阵的逆。

measure minmax selection

返回两个向量，第一个包含选择中所有原子的最小x、y和z坐标，第二个包含相应的最大值。

measure rgyr selection [weight weights]

使用给定的权重返回选择中原子的旋转半径。旋转半径计算为

其中r(i)是第i个原子的位置，¯r是作为计算机测量中心的加权中心。

vmd > measure rgyr atomselect0 weight mass

25.70777702331543

measure rmsd selection1 selection2 [weight weights]

返回两个选择中对应原子之间的均方根距离，按给定权重加权。Selection1和selection2必须包含相同数量的原子（选择可能来自具有不同数量原子的不同分子）。

vmd > measure rmsd [atomselect top "resname OTF"] [atomselect top "resname OTF"] weight mass

0.0

measure rmsd selection1 selection2 [weight weights]

返回两个选择中对应原子之间的均方根距离，按给定权重加权。Selection1和selection2必须包含相同数量的原子（选择可能来自具有不同数量原子的不同分子）。

vmd > measure rmsd [atomselect top "resname OTF"] [atomselect top "resname OTF"] weight mass

0.0

measure rmsf selection [first first] [last last] [step step]

返回所选帧中每个选定原子的均方根位置波动。如果没有提供第一、最后或步长值，将对所有帧进行计算。

measure sasa srad selection [-points varname] [-restrict restrictedsel] [-samples numsamples]

使用为每个原子指定的半径返回选择区域中可溶于溶剂的原子表面积，

并将每个半径按srad扩展以找到球体上暴露于溶剂的点。

如果使用受限制的选择，则只考虑该选择附近的溶剂可及点。

-restrict选项可用于防止内部蛋白质空洞或口袋影响表面积结果。

可以使用points选项查看区域贡献来自何处，然后使用restrict标志在可视化之后消除任何不需要的贡献。

varname参数可用于收集确定为溶剂可接近的点。

measure sasa 1.4 atomselect1

measure sumweights selection weight weights

返回选择中所有原子的权重列表（或用于权重的数据字段）的和

vmd > measure sumweights atomselect7 weight mass

50883.36328125

measure bond atom_list [options]

返回两个指定原子之间的距离。原子以原子索引列表的形式指定。除非你通过“分子数”指定一个特定的分子，否则这些指数指的是当前的顶部分子。如果原子在不同的分子中，你可以使用{{atomid1 [molid1]} {atomid2 [molid2]}…你可以设置单个原子的分子ID。请注意，度量键并不关心在psf文件中指定的键或在VMD中绘制的键，它只返回距离！类似的事情也适用于度量角，dihed和imprp。

可以指定以下选项：

—molid ：原子所属的默认分子，除非在原子列表中为该原子明确指定了分子号。此外，所有的框架规格都是指这种分子。

—frame ：默认情况下将返回当前帧的值，但可以通过此选项选择特定的帧。还可以指定all或last而不是帧号，以便分别获得所有帧或仅最后一帧的值列表。

—first ：指定帧范围的第一帧。（默认为当前帧）

—last ：使用该选项指定帧范围的最后一帧。（默认是分子的最后一帧）。

如果你在原子列表中指定了分子id，那么所有帧规格将参考当前的顶部分子，除非使用“molid”选项设置了默认分子。由于顶部分子可能与所选原子中涉及的分子不同，因此通常指定一个默认分子是一个好主意。这里有一些使用的例子：

measure bond {3 5} -返回顶端分子当前框架的3号原子和5号原子之间的距离˙

measure bond {3 5} molid 0 frame all -返回所有框架中分子0的3号原子和5号原子之间的距离。

measure bond {3 {5 1}} molid 0 first 7 -返回分子0的原子3和分子1的原子5之间的距离。计算分子0的第七帧和最后一帧之间的所有帧的值。