measure4

measure angle atom_list [options]

返回三个原子张成的角度。输入格式与measure bond命令相同。

vmd > measure angle {3 5 11}

68.03964233398438

vmd > measure angle {3 5 11} molid 0 frame all

measure angle atom_list [options]

返回三个原子张成的角度。输入格式与measure bond命令相同。

vmd > measure angle {3 5 11}

68.03964233398438

vmd > measure angle {3 5 11} molid 0 frame all

measure dihed atom_list [options]

返回由四个原子定义的二面角。输入格式与measure bond命令相同。

measure imprp atom_list [options]

返回由四个原子定义的不正确的二面角。输入格式与measure bond命令相同。

measure energy energy_term atom_list [parameters] [options]

返回给定一组原子的指定能量项。能量项必须是bond, angle, dihed, imprp, vdw 或 elect。基于CHARMM力场函数、给定参数和当前坐标计算能量。测量键命令的所有选项也适用于测量能量。因此，举例来说，你可以请求一个轨道的一系列帧的能量。原子列表的格式也是相同的。对于所有省略的参数，假设默认值为0.0。对于静电能，默认电荷取自分子的相应原子力场。如果截止值未设置或为零，则不使用截止功能。可以指定以下参数：

– k <value> ：键力常数、角力常数、角力常数、键力常数，单位分别为kcal/mol/A2或kcal/mol/rad2。

– x0 <value>：键长、角度、二面角和不当二面角的平衡值，单位为埃或度。

– kub <value> ：角的uey - bradley力常数，单位为kcal/mol/A2。

– s0 <value> ：以埃为单位的角度的Urey-Bradley平衡距离。

– n <value>：二面体周期性。

– delta <value> ：二面相移度（通常为0.0或180.0）。

– rmin1 <value>：原子1的VDW平衡距离，单位为埃。

– rmin2 <value>：原子2的VDW平衡距离，单位为埃。

– eps1 <value> ：原子1的VDW能量阱深度（epsilon），单位为kcal/mol。

– eps2 <value>：原子2的VDW能量阱深度（epsilon），单位为kcal/mol。

– q1 <value>：原子1的电荷。

– q2 <value>：原子2的电荷。

– cutoff <value>：非绑定截止距离。

– switchdist <value> ：非绑定交换距离。

measure energy energy_term atom_list [parameters] [options]

vmd > measure energy bond { 20 201 }

0.0

vmd > measure energy bond { 20 201} k 2

525.6040649414063

vmd > measure energy bond { 20 201} k 10

2628.020263671875

vmd >  measure energy angle { 20 201 100 } x0 100

0.0

vmd >  measure energy angle { 20 201 100 } x0 100 kub 15

318.7815246582031

measure surface selection gridsize radius depth

返回包含所选原子表面的原子索引列表。确定表面的方法是构造一个间距近似等于gridsize的网格，其中每个网格点被标记为满或空，这取决于是否有来自选择的原子在网格点的半径距离内。

如果在VMD中定义了周期晶胞参数，则认为分子是周期性的，网格反映了选择的周期图像的坐标。网格尺寸可以从传递给例程的网格尺寸修改，以便整数网格尺寸适合包含分子的盒子的尺寸。

最后，落在空网格点深度距离内的每个原子都被视为表面原子，该命令返回所有这些原子的原子索引列表。

measure surface  [atomselect top "resname MOL"]  1 1 1

vmd > measure surface  [atomselect top "resname MOL"]  1

wrong # args: should be "measure surface <sel> <gridsize> <radius> <depth>"