measure5

measure pbc2onc center [frame frame|last]

计算将坐标从任意PBC单元格转换为标准正交单元格的变换矩阵。由于单元中心不是由VMD存储的，因此必须指定它。

这是一个非正交PBC单元的2D示例：a和B是创建相邻图像所需的位移向量。平行四边形表示以原点O为中心的PBC晶胞。右边的正方形表示标准正交单元格，即原子将被T变换包裹的区域。

measure pbcneighbors center cutoff [options]

以两个列表的形式返回PBC单元格的截止˚A范围内的所有图像原子。第一个列表保存原子坐标，而第二个列表是一个索引列表，将图像原子映射到单元格中的原子。由于PBC单元中心不存储在dcd中并且不能在VMD中设置，因此它必须由用户作为第一个参数提供。

第二个参数（截止）是要考虑的原子与PBC单胞的最大距离（in˚A）。也就是说，截断向量定义了pbc晶胞周围需要构建图像原子的区域（即{6.8 0}表示A方向为6˚A， B方向为8˚A， c方向没有图像）。可以指定以下选项：

molid <molecule number>: 原子所属的默认分子，除非在原子列表中为该原子显式指定了分子号。此外，所有的框架规格都是指这种分子。（默认是当前最上面的分子。）

frame <frame>: 默认情况下，将返回当前帧的值，但可以通过此选项选择特定的帧。还可以指定all或last而不是帧号，以便分别获得所有帧或仅最后一帧的值列表。

sel <selection>:如果提供了原子选择，则只返回那些在主单元所选原子的截止范围内的图像原子。如果截断是一个矢量，则使用最大值。

align <matrix>:如果分子是对齐的，你可以提供对齐矩阵，然后用于校正pbc晶胞的旋转和移动。

boundingbox PBC|{<mincoord> <maxcoord>}: 使用此选项，原子被包裹到一个矩形边界框中。如果您提供“PBC”作为参数，则边界框将包围PBC框，但随后将截断添加到边界框中。允许为截止尺寸设置负值，从而使箱体变小。相反，您也可以提供一个自定义的边界框，其形式为最小坐标（包含两个坐标向量的列表，例如measure minmax命令返回的坐标向量）。这里，再次将截止添加到边界框中。

measure inertia selection [moments] [eigenvals]

返回所选原子的质心和转动惯量轴。如果设置了矩，那么惯性张量的矩也会返回。对于选项特征值，也将返回相应的特征值。

如果两个标志都设置了，那么特征值将在矩之后列出。

measure symmetry selection [plane|I|Cn|Sn [vector]] [tol value] [nobonds] [verbose level]

这个函数评估原子选择的分子对称性。该算法的基础是寻找反演中心、镜像面、旋转轴和旋转反射等对称元素。基于发现的对称元素，它猜测潜在的点群。这个猜想是相当可靠的，并且可以处理那些在一定程度上偏离理想对称的分子。将返回具有最高对称性的最接近的匹配。– tol <value>：允许在考虑是否对称时控制算法的容忍度。较小的值表示较低的容差，默认值为0.1。

– nobonds：如果设置此标志，则在比较结构时不考虑键的顺序和方向。

– verbose <level>：控制控制台输出的数量。级别0表示没有输出，1在搜索结束时给出一些统计信息（默认值）。第2级给出了关于每个阶段的额外信息，第2、3、4级给出了每个迭代的更多信息。

– idealsel <selection>：对称搜索将在常规选择上执行，但随后发现的对称元素将被施加到使用此选项给出的选择上，并且对第二个选择重复搜索。例如，这种方法允许在没有氢的选择上执行对称性猜测（氢可能指向随机方向的可旋转基团），但仍然可以得到整个结构的理想坐标和唯一原子。这里指定的选择必须是用于对称搜索的选择的超集。

measure symmetry selection [plane|I|Cn|Sn [vector]] [tol value] [nobonds] [verbose level]

– I：与其猜测选择的对称点群，不如确定选择的质量中心是否代表一个反演中心。返回值是0到1之间的分数，其中1表示完全匹配。

– plane <vector>：而不是猜测选择的对称点群，确定由其法向量定义的平面是否为选择的镜像平面。

返回值是0到1之间的分数，其中1表示完全匹配。

– Cn|Sn <vector>：与其猜测选择的对称点群，不如确定选择是否存在由vector定义的n阶旋转或旋转反射轴Cn/Sn。例如，如果你想查询y轴是否具有C3旋转对称，你指定C3{0 1 0}。返回值是0到1之间的分数，其中1表示完全匹配。

– imposeinversion：在结构上施加反转中心。

– imposeplanes {<vector> [<vector> ...]}：将由法向量列表给出的平面施加到结构上。

– imposeaxes|imposerotref {<vector> order [<vector> order ...]}：将旋转轴或旋转反射施加到由向量和整数对列表指定的结构上。每一对定义一个轴及其顺序。各个对称元素的分数取决于指定的公差。在结构上施加对称元素将使原子围绕这些元素，并平均原子及其图像的坐标。没有找到图像的原子（相对于该转换）将不会被包裹。例如，如果你在一个分子上施加一个轴，而这个分子在给定的容限内没有这样的旋转对称，那么什么也不会发生。

measure symmetry selection [plane|I|Cn|Sn [vector]] [tol value] [nobonds] [verbose level]

结果：返回值是由标签字符串和值或列表组成的对的TCL列表。对于每个标签，其后面的数据描述如下：对于有阶数的点群，比如C3v或D2，阶数用n代替，我们有Cnv或Dn。订单是单独给出的（见下文）。

点群顺序，即最高轴的顺序（如不适用则为0）。

发现的对称元素的总结，即反演中心、旋转轴、旋转反射、镜面。例如：对于点群D3d，“(i) (C3) 3*(C2) (S6) 3*(sigma)”。

缺少的元素相对于理想的元素集（格式与上面相同）。如果这不是一个空列表，那么对称性查找算法就出了严重的问题。

这个点组不需要的附加元素（格式与上面相同）。如果这不是一个空列表，那么对称性查找算法就出了严重的问题。

com根据理想坐标选择的质心（见下面的“理想”）。

三个惯量轴的列表，惯量张量矩的特征值和三个0/1标志的列表，指定每个轴是否唯一。

反转标志0/1表示是否有反转中心。

定义旋转轴的归一化向量roreflector定义旋转反射平面的归一化向量定义镜像平面的归一化向量。

理想的理想对称坐标对所有原子的选择。坐标按照原子索引的递增顺序列出（与atomselect命令“get x y z”返回的顺序相同）。因此，可以使用列表将选择的原子设置为理想坐标（参见下面的示例）。

unique索引列表，定义一组具有唯一坐标的原子。

将分子与GAMESS标准取向对齐的矩阵。

如果某个项目不存在（例如，没有平面或没有轴），那么相应的值是一个空列表。pair格式允许将结果用作TCL数组，以便方便地访问不同的返回项。

measure symmetry selection [plane|I|Cn|Sn [vector]] [tol value] [nobonds] [verbose level]

set sel [atomselect top all]

#确定对称性

set result [measure symmetry $sel]

#创建数组‘ symm ’包含结果

array set symm $result

#打印选定的数组元素

puts $symm(pointgroup)

puts $symm(order)

puts $symm(elements)

puts $symm(axes)

# 将选择的原子设置为理想对称坐标

$sel set {x y z} $symm(ideal)