mol1

在VMD中加载、修改或删除分子。在下面，分子数是一个字符串，描述哪些分子将受到命令的影响。

它是以下选项之一：all，top, active, inactive, display, on, off, fixed, free，或者在加载分子时分配给分子的唯一整数ID代码之一（从0开始）。

代码（molID）在分子被删除后不会被重用，所以如果你，例如，有三个分子被加载（编号为0,1,2），删除molID等于0的分子，然后加载另一个分子，新分子将具有molID 3。

这样，可用的分子id列表就变成了（1 2 3）。在这个列表中，分子的索引可以通过molinfo命令[§9.3.22]访问。

例如，在上面的例子中，最后加载的分子的molID等于3，然而，它是分子列表中的第三个，所以它的索引等于2（因为我们从0开始计数）。

分子表示（视图）被分配整数（每个分子从0开始），显示在图形窗口的列表中[§5.4.7]。可以使用mol命令添加、删除或更改表示。另请参见molinfo命令[§9.3.22]部分，以获取有关表示的更多信息。

molecule_number=molid n

new [ filename ] [ options ]: mol new用于从文件中创建新分子；如果省略可选的filename参数，则会创建一个没有原子的普通“空白”分子（这可以用于创建用于绘制用户定义几何图形的画布）。

addfile < filename > [ options ]:mol addfile类似于mol new，除了结构和坐标数据被加载到顶部分子（最后加载的分子）而不是创建一个新分子。mol new和mol addfile都接受以下一组options：

—type ：指定文件类型（psf， pdb等）如果不选该选项，则使用文件扩展名来猜测文件类型；否则，它将覆盖从文件名中猜测的内容。

—first :

—last :

—step ：对于包含坐标帧的文件，指定加载哪些帧。帧从0开始索引。步长为1表示将加载范围内的所有帧；步长2意味着每隔一帧加载一次。

—waitfor ：对于包含坐标帧的文件，指定在返回之前加载多少帧；默认为1。如果帧数少于文件中的帧数，则其余帧将在后续VMD显示更新时在后台加载。如果frames为-1或all，则在命令返回之前，将立即加载所有仍在进行中的文件中的所有帧。以这种方式加载的帧将比在后台加载的帧加载速度更快。如果在发出addfile命令时文件仍在后台加载，那么将首先加载正在进行中的文件中的帧。

—volsets ：对于包含volumetric数据的文件，指定要加载哪些数据集。应该是一个从零开始的索引列表。

—autobonds ：开启/关闭自动绑定计算。这对于加载异常的非分子坐标非常有用，因为VMD的键查找算法太慢（例如，如果点密度非常高）。默认为开启。

—molid：仅用于添加文件。可以指定要加载文件的分子的分子id。它必须是指定的最后一个选项。如果省略，默认是最上面的分子。

vmd > mol new mol.pdb

ERROR) Could not read file mol.pdb

Unable to load file 'mol.pdb' using file type 'pdb'.

vmd > mol new ref.pdb

ERROR) Could not read file ref.pdb

Unable to load file 'ref.pdb' using file type 'pdb'.

vmd > mol new ref.gro

Info) Using plugin gro for structure file ref.gro

Info) Using plugin gro for coordinates from file ref.gro

Info) Determining bond structure from distance search ...

ref.gro是当前文件夹下有的文件，所以，该命令并不可以生成一个你命名的文件

如果你输入mol new则会生成一个空白的文件

vmd > mol addfile exp.xtc

Info) Using plugin xtc for coordinates from file exp.xtc

0

vmd > Info) Coordinate I/O rate 440.2 frames/sec, 65 MB/sec, 4.5 sec

Info) Finished with coordinate file exp.xtc.

给top层分子添加结构，这个结构必须匹配否则会报错

vmd > mol addfile ref.gro

ERROR) Error reading optional structure information from coordinate file ref.gro

ERROR) Will ignore structure information in this file.

mol new

1

vmd > mol addfile ref.gro 1

Info) Using plugin gro for structure file ref.gro

Info) Using plugin gro for coordinates from file ref.gro

Info) Determining bond structure from distance search ...

Info) Finished with coordinate file ref.gro.

vmd > mol addfile ref.gro

Info) Using plugin gro for coordinates from file ref.gro

1

Info) Finished with coordinate file ref.gro.

只要匹配就可以不停的的加入

mol new

1

vmd > mol addfile ref.gro 1

Info) Using plugin gro for structure file ref.gro

Info) Using plugin gro for coordinates from file ref.gro

Info) Determining bond structure from distance search ...

Info) Finished with coordinate file ref.gro.

vmd > mol addfile ref.gro

Info) Using plugin gro for coordinates from file ref.gro

1

Info) Finished with coordinate file ref.gro.

只要匹配就可以不停的的加入

加入时需要看操作的T在哪个当前位置

vmd > mol addfile ref.gro 1

Info) Using plugin gro for coordinates from file ref.gro

1

Info) Finished with coordinate file ref.gro.

vmd > mol addfile ref.gro 2

Info) Using plugin gro for coordinates from file ref.gro

2

Info) Finished with coordinate file ref.gro.

后面接id是可以表示选择加入哪个id

vmd > mol addfile ref.xtc 2

Info) Using plugin xtc for coordinates from file ref.xtc

2

vmd > Info) Coordinate I/O rate 363.8 frames/sec, 54 MB/sec, 5.5 sec

vmd > mol addfile ref.xtc 2 -first 100 -last 500 -step5

Info) Using plugin xtc for coordinates from file ref.xtc

2

vmd > Info) Coordinate I/O rate 363.8 frames/sec, 54 MB/sec, 5.5 sec

好像依然没有啥用跟上面一样，只是在id2的分子加入轨迹

load structure_file_type structure_file [coordinate_file_type coordinate_file]：使用给定的格式从文件名加载一个新的分子。如果指定了其他坐标文件，则也加载该文件。VMD 1.8中的新功能：在命令返回之前，将加载坐标文件中的所有帧。如果不希望这样做，可以使用animate read命令对如何加载坐标文件进行更细粒度的控制。以前版本的VMD在返回之前只加载了一个帧。该函数将返回新创建的分子的id，如果不成功则返回错误。

urlload <file_type> <URL>:从给定的URL地址加载文件类型的分子。返回新创建的分子的id，如果不成功则返回错误。

pdbload ：从RCSB网站检索具有指定的access code的PDB文件。返回新创建分子的id，如果不成功则返回错误。

list：为每个分子打印一行状态摘要。

list molecule_number：打印一行状态摘要为每个分子匹配的分子数。如果只有一个分子与分子号匹配，还要打印该分子的表示状态，即表示的数量以及表示的编号、着色方法、表示的样式和每种表示的选择字符串。

color coloring_method：更改默认原子着色方法设置。

material material_name：更改默认材质设置。

representation rep_style：更改默认呈现方法设置。

selection select_method：更改默认的原子选择设置。

clipplane center clipplane_id rep_number molecule_number [ vector ]

clipplane color clipplane_id rep_number molecule_number  [ vector ]

clipplane normal clipplane_id rep_number molecule_number [ vector ]

clipplane status clipplane_id rep_number molecule_number [ boolean ]

modcolor rep_number molecule_number coloring_method：更改指定分子中给定表示的当前着色方法。

modmaterial rep_number molecule_number material_name：为指定分子中的给定表示改变当前材料。

modstyle rep_number molecule_number rep_style: 更改指定分子中给定表示的当前呈现方法（样式）。

modselect rep_number molecule_number select_method：更改指定分子中给定表示的当前选择。

addrep molecule_number：使用原子选择，着色和渲染方法的当前默认设置，为指定的分子添加新的表示。

default category value：将颜色、样式、选择或材料的默认设置设置为提供的值。

delrep rep_number molecule_number：从指定的分子中删除给定的表示。

modrep rep_number molecule_number：使用原子选择、着色和渲染方法的当前默认设置，将给定的表示更改为当前默认值。

delete molecule_number：删除分子(s)。