mol2

• active molecule_number：使分子活跃。

• inactive molecule_number：使分子(s)非活性。

• on molecule_number：打开分子(s)（绘制）。

• off molecule_number：关闭分子(s)（隐藏）。

• fix molecule_number：固定分子(s)。

• free molecule_number：未固定分子(s)。

• top molecule_number：设置顶部分子。

• cancel molecule_number：取消加载轨迹。

• reanalyze molecule_number：重新分析键和原子名称改变后的结构。

• bondsrecalc molecule_number：重新计算键从距离为当前时间步长。

• ssrecalc molecule_number：重新计算二级结构。

• rename molecule_number newname：重命名指定的分子。

• repname molecule_number rep_number：返回给定代表的名称。此名称保证在分子中所有代表都是唯一的，并且即使代表编号发生变化也会与代表保持一致。

• repindex molecule_number name：返回具有给定名称的rep的rep编号，如果该分子中不存在具有该名称的rep，则返回-1。

• selupdate rep_number molecule_number [on off]：每当分子的时间步长改变时，更新指定rep的选择。如果未指定on off，则返回当前更新状态。

• colupdate rep number molecule number [on off]：每次分子的时间步长改变时，更新指定rep的计算颜色。如果未指定on off，则返回当前更新状态。

• drawframes molecule_number rep_number [frame_specification]：同时绘制多个轨迹帧或坐标集。这个设置允许用户选择一个或多个范围的帧同时显示。帧规范现在采用以下形式之一：now、start:end或start:step:end。如果没有指定帧规格，该命令将返回当前活动的帧选择文本。

• smoothrep molecule_number rep_number [n]：获取/设置动态平滑轨迹的窗口大小。VMD不是从当前坐标绘制指定的rep，而是从之前和之后的n个时间步长计算坐标的平均值。如果n为零，则不执行平滑。注意，这种平滑不会影响任何标签测量，也不会改变原子选择返回或写入文件的坐标值；它只影响曲线的绘制方式。平滑在快速波动的分子可视化或制作电影时特别有用。

  
  

mol命令用的分子号，可以是独立的一个mol ID，也可以是all, top, active,

inactive, displayed, on, off, fixed, free。

mol new   创建一个新的空分子

mol new f:sustiva.pdb   创建一个新分子，读入此文件

mol addfile f:sustiva.pdb   读入此分子到top分子中

mol new和mol addfile后面都可以接参数，type pdb读入pdb类型，还支持其它的，包括轨迹等。first、last 、step 设置读入轨迹文件时读哪些以及间隔多少。autobonds on/off决定是否自动连键。molid 5读入到id=5的分子，只对addfile管用。

mol load pdb f:\sustiva.pdb  好像和mol new没区别，不能接其它参数

mol urlload 从某个URL地址读取

mol pdbload 2BBM      读取某个四个字母的pdb结构，从RCSB获得***得到了这个名称为2BBM的，但是并没有从2BBM中获得？？

mol list 显示目前已读取的分子信息

mol list 分子号      显示分子号包括的全部分子的详细信息，包括显示方式

mol color Chain     将默认原子上色方式改为Chain，似乎不管用

mol representation  CPK 将默认原子显示方式改为CPK，似乎不管用

mol selection [select_method]     改变默认选择方法

mol modcolor 0 top Chain    将top分子的0号representation改成Chain上色方式

mol modmaterial 0 top ghost 将top分子的0号representation改成Ghost风格

mol modmaterial 0 top CPK   将top分子的0号representation改成CPK显示方式

mol modselect 0 top {index 3} 将top分子0号representation选择内容为index 3

mol addrep 0    给0号分子新增一个representation

mol delrep 1 top  删掉top分子1号representation

mol delete top  删掉top分子

mol on/off 2   显示/不显示mol id=2的分子

mol active/inactive 2  激活/取消激活mol id=2的分子

mol default style  显示style的默认设置

mol default style CPK  设置默认style为CPK

mol modrep 1 top   将top分子的1号representation套用默认设置，似乎没用

mol fix/free 2   设置molid=2的分子是否fix(固定)

mol top      3     设置3号分子为top分子

mol cancel    3       停止3号分子载入轨迹

mol reanalyze 2      重新分析并输出2号原子的结构，比如成键情况

mol ssrecalc top     重新计算top分子的二级结构

mol rename top  pppp    重命名top分子为ppppp

mol repname top 0   显示top分子0号representation的名字

mol rename top rep0   显示top分子名为rep0的representation的序号，若得到-1，说明没那个名字

mol selupdate/colupdate 0 top on/off  对top分子0号representation，开不开Update Selection或Color Every Frame的选项

mol smoothrep top 0 12对top分子0号representation的smooth显示值设为12

mol showrep top 0 on/off 设置top分子0号representation显示不显示

mol scaleminmax top 0 0.3 4.6 设置top分子0号rep的color scale范围为0.3-4.6

mol scaleminmax top auto 设置top分子0号rep的color scale为自动

mol drawframes molecule_number rep_number [frame specification] 可以同时播放多个轨迹，见P108