CO在Pt(1 1 1)表面氧化的多位点模拟

目的：介绍多位点晶格上运行Kinetix模拟的方法。所用模块：Materials Visualizer、Kinetix背景使用Kinetix模块，通过动力学蒙特卡罗（kMC）模拟建模的体系，可以用不同程度的复杂度来描述。

教程创建了一个类似于Ziff et al., 1986文献中所述的模型，但适用于Pt（1 1 1）表面。其在每个晶格单元中使用一个位点，所有吸附质位于同一晶格位置。

第一次模拟运行仅包含了CO和O2吸附以及CO2解吸的过程。随后引入了进一步的过程来模拟CO和O2的扩散和解吸。这些过程的引入改变了体系的动力学，导致最终覆盖范围内的浓度不同。

然而，即使是在该教程中已修正后的模拟也是对体系的过度简化。在大多数反应体系中，吸附质并非都位于同一类型的位置。在所模拟的体系中，CO更倾向于吸附在顶位，但氧原子位于穴位。

在此处的六方晶格中，有两个穴位，fcc位在(1/3, 1/3)位置，hcp位在(2/3, 2/3)位置。这两个穴位并不等价。氧原子倾向于在fcc位置吸附，但在高覆盖率下，它们也可以在hcp位置吸附。

晶格中显示顶位（蓝色）和穴位（fcc绿色、hcp黄色）

穴位之间的差异通过指定作用于每种类型位置的不同过程来建模，对于其他类似过程，每个过程具有不同的反应速率。

在前面的教程中，速率系数是任意的，用于说明简单模式中可能涉及的过程类型，以及它们如何相互作用。要运行真实的模拟，必须使用真实的速率系数。

确定这些通常是建立真实的动力学蒙特卡罗模拟最困难的部分。实际上，可以从计算或实验数据中获得速率系数，或者在某些情况下，可以由已有相关数据的类似体系估算速率系数。

介绍

因为将使用比前面教程更复杂的晶格，所以有必要定义更多的过程来模拟所有可能的反应。此外，各个过程的范式将更加复杂。

例如，新晶格中相邻位置之间的距离仅为1.6Å。这对于相邻位点来说太小，无法同时被占据，因此需要添加规则，以确保不会发生这种情况。

特定过程的速率可能取决于与被占据位点相邻的化合物。这可以以横向相互作用的形式进行建模，本文将对此进行介绍。

本教程包括如下部分：

开始

创建过程文件

添加吸附过程

添加解吸过程

添加扩散过程

检查过程文件

运行模拟

分析结果

添加横向相互作用

应用横向相互作用并运行模拟

分析结果

注意：为了和本教程中的参数保持一致，可以使用Settings Organizer对话框将工程中所有参数都设置为BIOVIA的默认值。

1、开始

首先启动Materials Studio并创建一个新工程。

打开New Project对话框，输入ORR_MultiSite作为工程名，单击OK按钮。

新工程将以ORR_MultiSite为工程名显示于Project Explorer中。

2、创建过程文件

将创建一个基本过程文件，对模拟过程中设计的晶格和化合物进行描述。

单击Modules工具条上的Kinetix按钮

从下拉菜单中选择Process Builder。

与上一教程一样，将使用六方晶格。但是，由于每个单位晶胞将使用多个晶格位点，因此需要仔细考虑对称性。检查上述晶格图，特别是fcc和hcp穴位的不同性质，确保所需的对称性范式为p 3。

输入Hexagonal ZGB model作为Description。从Type下拉列表中选择Hexagonal，Symmetry下拉列表中选择p 3。将Length设置为2.77 Å。单击Create按钮，关闭对话框。

将建立一个名为KinetixProcesses.xkp的新过程文件。

将新文件重命名为ZGBMultiSite.xkp。

该过程文件中仅建立了一个简单晶格位点，即晶胞中位置位于(0,0)的顶位。应在穴位添加指定位点。

在General选项卡中单击Add Site...按钮，打开Kinetix Add Sites对话框。将Site type更改为Hollow。单击Add按钮，关闭对话框。

在过程文件General选项卡的Sites列表中，将添加两个新的位点，分别位于(0.333, 0.333)和(0.667, 0.667)。

现在，将指定将在模拟中使用的化合物种类，并为其指定半径。创建相互作用时，这些半径将用于生成最小截断距离，也将用于本文档产生的模拟的显示。

在Species选项卡上，在第一个空行中输入CO作为Name。将Radius更改为1.3。

添加第二个化合物，命名为O，Radius为1.3。

该化合物的其他默认属性（电荷和颜色）将满足本教程的要求，如有需要，可稍后进行更改。

该过程文件中仅建立了一个简单晶格位点，即晶胞中位置位于(0,0)的顶位。应在穴位添加指定位点。

在General选项卡中单击Add Site...按钮，打开Kinetix Add Sites对话框。将Site type更改为Hollow。单击Add按钮，关闭对话框。

在过程文件General选项卡的Sites列表中，将添加两个新的位点，分别位于(0.333, 0.333)和(0.667, 0.667)。

现在，将指定将在模拟中使用的化合物种类，并为其指定半径。创建相互作用时，这些半径将用于生成最小截断距离，也将用于本文档产生的模拟的显示。

在Species选项卡上，在第一个空行中输入CO作为Name。将Radius更改为1.3。

添加第二个化合物，命名为O，Radius为1.3。

该化合物的其他默认属性（电荷和颜色）将满足本教程的要求，如有需要，可稍后进行更改。

3、添加吸附过程

这里使用的吸附过程从表面上看与前面教程中的吸附过程相似。

然而，穴位将使吸附规则更加复杂。此外，必须确保吸附不会发生在已被占用的位点附近。

CO的吸附速率系数可通过以下公式计算(Jansen, 2003, Jansen, 2012)：

此处：

PCO为CO的压强

Asite为单个位点的面积

σ为粘滞系数

mCO为CO的质量

kB为波尔兹曼常数

T为温度

对于温度为1200 K，CO压强为1 atm，粘滞系数为1.0，CO的吸附速率系数为9.68 × 107 s-1。

对于氧吸附，在0.5 atm的压强下使用类似的表达式。分母中使用了额外的因子3，以说明O2分子可能产生的不同取向的数量。从而获得了1.49×107 s-1的氧吸附速率系数。

首先说明CO吸附过程。

选择过程文件中的Processes选项卡。确保process of type设置为Adsorption，单击Add按钮。

名为NewProcess的新过程将添加到Process列表中，Process Details选项卡提供了更多选项。

在Process Details选项卡输入COAds作为Identifier，CO adsorption作为Description。将Specification type更改为Rates，Rate coefficient设置为9.68e7 s-1。

在Process Sites选项卡中，从Adsorbate(s)下拉列表中选择CO。

现在需要指定不允许吸附的位置，即化合物的存在将阻止吸附发生的位置。

选择Site View选项卡：

位点视图，显示添加阻止吸附发生的位置前的吸附过程

白色位置代表将发生吸附的位置。6个相邻位点应定义为“阻止吸附发生的位置”。这是通过指定仅当这些位点空闲时才启用流程来实现的。

在Process Sites选项卡上，从Site environment部分的with enabling species下拉列表中选择V。

在Site View中，按住CTRL键，然后选择每个白色位点附近的6个位点。

在Process Sites选项卡上，单击Add selected sites按钮。

六个位点将添加到Site environment部分的列表中，Nearest distance为1.599 Å。这是到当前过程中最近的活动位点的距离。在Site View中，这些站点现在为粉色，以表示它们在过程中的新位点环境。Site View现在应如下所示：

位点视图，显示添加阻止吸附发生的位置后的吸附过程

接下来，将指定O2吸附过程。有两个可能的吸附位置，因此需要为每个位置指定单独的过程。

在Processes选项卡上，单击Add按钮。在Process Details选项卡上，输入O2Adsf作为Identifier，输入O2 adsorption onto fcc site作为Description。将Specification type更改为Rates，并将Rate coefficient设置为1.49e7 s-1。

在Process Sites选项卡上，勾选Dissociative adsorption复选框，然后选择Site View选项卡：

位点视图，显示任何校正前的离解吸附过程

红色显示的活性位点不在fcc穴位。红色表示这些位点的化合物种类尚未确定。

在Site View选项卡上，选择一个fcc穴位。

在Process Sites选项卡上，单击其中一个Adsorption site(s)的+按钮。从相应的Adsorbate(s)下拉列表中选择O。

对另一个fcc位点和第二个Adsorption site重复此步骤，同时填充O。

Site View现在应如下所示：

位点视图，显示fcc位点的解离吸附过程

该过程的Multiplicity为3，因为根据晶格定义的对称性确定了三个不同的方向。这就是在计算氧吸附过程的速率系数时需要额外的因子3的原因。

要完成此过程的定义，需要添加禁止吸附的位点。两个吸附位点周围将有10个吸附位点。

在Site View中，选择O化合物占据的两个白色位点周围的10个位点。

在Process Sites选项卡上，单击Add selected sites按钮，用空位填充这些位点。

将在Site environment列表中添加十个位点，每个位点的Nearest distance为1.599 Å。Site View现在应如下所示：

位点视图，显示添加禁止吸附位置后fcc位置上的解离吸附过程

提示：如果在流程定义过程中出现任何错误，可以撤消Undo对文档的最后更改，也可以删除Delete相关流程并输入新的流程。

需要添加的第三个吸附过程是将O2吸附到hcp位置。这里还有一个额外的步骤，因为其中一个必要的禁止吸附位置当前未显示在Site View中。

在Site View中右键单击，从弹出的快捷菜单中选择Display Style，打开Kinetix Site View Display对话框。将U Max值更改为2。

重复O2Adsf过程中使用的步骤，使用hcp穴位创建类似的O2Adsh过程。Rate coefficient使用相同的值（1.49e7 s-1）。

Site View现在应如下所示：

位点视图，显示添加禁止吸附位置后hcp位点上的解离吸附过程

在Kinetix Site View Display对话框中，将U Max更改回1并关闭该对话框。

请注意，尽管其中一个禁止吸附位置位于为Site View指定的显示范围之外，但仍会显示该位点。这样，无论显示参数如何，都可以看到与当前过程相关的重要位点。

在继续下一步之前，应该保存项目。

从菜单栏中选择File | Save Project。

可以在此阶段将文档与示例文件夹中提供的版本(ZGBMultiSite Stage 1.xkp)进行比较。

选择File | Import...，从菜单栏打开Import File对话框。从文件类型下拉列表中选择Kinetix Files作为文件名File name。导航到Examples/Kinetix/Processes并选择ZGBMultiSite Stage1.xkp。单击Open按钮。

4、添加解吸过程

与吸附过程一样，也将在本例中添加比上一教程中更多的解吸过程。CO2的生成解吸过程有两种可能，一种使用来自fcc穴位的氧，另一种使用来自hcp穴位的氧。同样，氧的解吸也有两个过程。

解吸过程比等效吸附过程更容易指定，因为不需要指定禁止吸附的位置。

对于这些解吸过程，将通过指定Arrhenius表达式的指前因子和活化能来给出速率系数。

CO解吸的速率系数已从程序升温解吸谱图中获得(van Bavel et al., 2003)。实验测量表明，Pt(111)上CO脱附的指前因子应为1.0×1013 s-1，对于许多过程，观测值接近于此。

对于氧脱附，kMC模拟的结果与程序升温解吸谱图相关(Jansen et al., 2005)。然而，这只提供了fcc位点解吸的参数——由于实验条件，所有氧原子都位于fcc位点。为了获得hcp位点氧解吸的可用参数，可根据Offermans等人计算的fcc位点和hcp位点之间原子氧吸附能的差异来修改活化能。

Yakovkin和Petrova计算了CO2生成的活化能。

首先，将指定CO解吸过程，与CO吸附过程相反。

添加一个新的Desorption过程，CODes作为Identifier，CO desorption作为Description。将Prefactor更改为1.0e13 s-1，将Activation energy更改为33.2 kcal/mol。

设置过程位点和化合物种类，使位点视图显示如下，确保已在位点视图中选择顶部位点，并已在Process Sites选项卡上选择CO作为Species。

接下来，将指定fcc位点的O2解吸过程，与fcc位点的O2吸附相反。

增加一个新的Desorption过程，以O2Desf为Identifier，以O2 desorption with fcc site oxygen为Description。将Prefactor改为7.2e18 s-1，Activation energy改为61.8 kcal/mol。

显示顶部位点CO解吸过程的位点视图

在Process Sites选项卡上，勾选Associative desorption复选框。设置过程位点和化合物种类，位点视图显示如下，确保选择了fcc位点，并且选择了O作为这些位点的化合物种类。

接下来，将指定hcp位点的O2解吸过程，与hcp位点的O2吸附过程相反。

增加一个新的Desorption过程，以O2Desh为Identifier，以O2 desorption with hcp site oxygen为Description。将Prefactor改为7.2e18 s-1，Activation energy改为45.1 kcal/mol。

显示从fcc位点的关联解吸过程的位点视图

在Process Sites选项卡上，勾选Associative desorption复选框。设置过程位点和化合物种类，位点视图显示如下，确保选择了hcp位点，并且选择了O作为这些位点的化合物种类。

现在，将指定CO2生成和解吸过程的两个版本。首先，将使用fcc位点的氧气。注意，用于O的位置不是与用于CO的顶位相邻的fcc位置。这是因为距离考虑，化合物不能出现在相邻位置（通过在吸附过程中设置禁止吸附位置，以及随后在扩散过程中设置禁止扩散位置）。

增加一个新的Desorption过程，以CO2Desf为Identifier，以CO2 desorption with fcc site oxygen为Description。将Prefactor改为1.0e13 s-1，Activation energy改为51.9 kcal/mol。

显示从hcp位点的关联解吸过程的位点视图

在Process Sites选项卡上，勾选Associative desorption复选框。设置过程位点和化合物种类，位点视图显示如下，确保CO为顶位，O为fcc位。

最后，对于解吸过程，将要添加一个使用hcp位点的氧气进行CO2生成和解吸的过程。

增加一个新的Desorption过程，以CO2Desh为Identifier，以CO2 desorption with hcp site oxygen为Description。将Prefactor改为1.0e13 s-1，Activation energy改为26.5 kcal/mol。

显示从顶位和fcc位的关联解吸过程的位点视图

在Process Sites选项卡上，勾选Associative desorption复选框。设置过程位点和化合物种类，位点视图显示如下，确保CO为顶位，O为hcp位。

现在已经添加了所有解吸过程。在继续之后步骤之前，应保存工程。

从菜单栏中选择File | Save Project。

也可以在此步骤之后，将文档和示例文件夹中提供的文件(ZGBMultiSite Stage 2.xkp)进行对比。

显示从顶位和hcp位的关联解吸过程的位点视图

5、添加扩散过程

与上一教程相比，本教程加入更多的扩散过程。CO可以像以前一样从顶部位点扩散到相邻的顶部位点。但该体系具有三重对称性（而非六重对称性），可以对fcc和hcp位点进行不同的处理。因此，必须指定两种不同的CO扩散过程，使其具有正确的多重性。

因为在扩散之后，以前未被占用的位点会被占用，所以应该在扩散到的位点周围添加禁止扩散的位点。但是，为了简化计算，可以利用与原位点相邻的所有位点中的空位。

扩散通常比吸附或解吸快得多。这可能意味着使用真实的速率系数进行扩散将导致几乎所有的模拟时间都花在扩散上，这不仅效率低且不必要。在几乎所有反应体系中，扩散的作用都是平衡吸附层，这也可以通过使用比实验观察到的更小的速率系数来实现。一种可行的方法是从较小的扩散速率系数开始，并增加扩散速率系数运行几次较短时间的模拟。只要扩散速度不够快，不足以平衡吸附层，结果就会发生变化。当结果变为常数时，则不再需要增加扩散速率系数，因为这表明吸附层处于平衡状态。

对于CO扩散，速率系数可以很小；与解吸过程的数量级相同。在这种情况下，需要使用与等效脱附过程相同的扩散过程活化能。因此，无论模拟温度如何，两个速率系数将具有相同的比率。

对于氧扩散，该过程比等效解吸快得多。可建模为一个没有过渡态的过程，因此对于从fcc向hcp位点的扩散，存在显著的活化能，而对于从hcp向fcc位点的反向扩散，活化能实际上为零。

增加一个新的Diffusion过程，以CODiff为Identifier，以CO diffusion为Description。将Prefactor改为2.0e13 s-1，Activation energy改为33.2 kcal/mol。

设置过程位点和化合物种类，包括Site environment部分的blocking sites，使得位点视图显示如下，确保源位点的化合物为CO。

刚才添加的扩散过程的多重性Multiplicity是3，这证实了需要另一个版本，因为有六个可能等价的CO扩散过程。现在，将使用不同位点的相同规范参数添加第二版本的CO扩散过程。标识符可以与前一个标识符相同，这样两个过程的统计信息将合并到模拟结果中。

显示在顶位之间CO扩散过程（第一个版本）的位点视图

增加一个新的Diffusion过程，以CODiff为Identifier，以CO diffusion为Description。将Prefactor改为2.0e13 s-1，Activation energy改为33.2 kcal/mol。

设置过程位点和化合物种类，包括Site environment部分的blocking sites，使得位点视图显示如下。确保化合物选为CO，且使用的一对位点与前一过程中使用的一对位点相差60或180度。

现在，将添加fcc和hcp位点之间氧气双向扩散的过程。这些过程及其对称性等价过程允许氧气在晶格中扩散。首先指定从fcc位点到hcp位点的扩散。

增加一个新的Diffusion过程，以ODiff_fh为Identifier，以Oxygen diffusion from fcc to hcp sites为Description。将Prefactor改为1.0e11 s-1，Activation energy改为8.37 kcal/mol。

显示在顶位之间CO扩散过程（第二个版本）的位点视图

设置过程位点和化合物种类，包括Site environment部分的blocking sites，使得位点视图显示如下。确保化合物选为O，且如位点视图中所示，源位点和目标位点是正确的。

现在将添加反向过程。将使用与刚才不同的标识符和不同的过程速率。

增加一个新的Diffusion过程，以ODiff_hf为Identifier，以Oxygen diffusion from hcp to fcc sites为Description。将Prefactor改为1.0e11 s-1，Activation energy改为0.001 kcal/mol。

显示O从fcc位点扩散至hcp位点的位点视图

设置过程位点和化合物种类，包括Site environment部分的blocking sites，使得位点视图显示如下。确保化合物选为O，且如位点视图中所示，源位点和目标位点是正确的。

此过程的活化能应为零，以表示无过渡状态，但计算要求该值应为正值，因此使用极低的值0.001。

现在已经添加了所有必要的扩散过程。在继续下一步之前，应该保存工程。

单击Save Project按钮

也可以在此步骤之后，将文档和示例文件夹中提供的文件(ZGBMultiSite Stage 3.xkp)进行对比。

显示O从hcp位点扩散至fcc位点的位点视图

6、检查过程文件

此时，应检查输入的过程。

选择Processes选项卡，应列出十二个过程：

在Site View选项卡上，单击Process index的箭头按钮，滚动浏览已定义的流程。

检查是否有过程显示为无效，如Site View中的红色位点所示。检查每个过程的Multiplicity是否符合预期。多重性的错误可能是因为指定了错误的位点，或者是关联或分离过程中化合物组合错误。

滚动查看各过程，同时显示Process Details和Process Sites选项卡，检查每个过程的详细信息。

ZGB多位点模拟的过程

确保ZGBMultiSite.xkc为当前文档，并选择了Constant conditions任务。单击More...按钮，打开Kinetix Constant Conditions对话框。

将Temperature设置为1200 K。将Simulation time设置为1.0e-7 s，Sampling interval设置为1.0e-9 s，关闭对话框。

在Setup选项卡中，从Processes下拉列表中选择ZGBMultiSite.xkp。

单击Run按钮，关闭对话框。

将在Project Explorer中打开一个新的名为ZGBMultiSite Kinetix ConstCond的文件夹。当计算任务完成后，将创建与上个教程中相同的一组文档。

8、分析结果

在Project Explorer中，从新的结果文件夹中打开ZGBMultiSite.kout文件。

单击Modules工具栏上的Kinetix按钮

然后从下拉列表中选择Analysis，打开Kinetix Analysis对话框。

选择Concentrations，勾选CO和O Species复选框。单击View按钮。

将产生如下图所示的曲线图：

模拟过程中化合物的平均浓度

在Kinetix Analysis对话框中，选择Rates并勾选所有Reactions复选框。单击View按钮。

由此产生的图表将立即示出，模拟主要由两个扩散过程控制。现在，将生成另一个没有扩散过程的速率图。

在Kinetix Analysis对话框中，取消勾选CODiff、ODiff_fh和ODiff_hf复选框。单击View按钮。然后关闭对话框。

将产生如下图所示的曲线图：

模拟过程中的平均反应速率

现在应查看新的构型演变过程。

在Project Explorer中，从新的结果文件夹中打开ZGBMultiSiteTraj.xkc文件。使用animation controls查看每帧构型。停止查看轨迹动画。

图表文档和构型的轨迹文档可通过在图表中选择点进行链接。当逐步查看构型轨迹中的每帧时，将在每个打开的图表中的一条曲线上示出表示相应时间的点。相反，如果在其中一个图表中选择了一个点，构型轨迹将改变，以显示最接近所选点的时间的一帧。

应该能够确认禁止占用位点的正确设置。每个CO或O化合物都应该被空位完全包围。现在，可以更改显示以强调这些化合物。

在ZGBMultiSiteTraj.xkc中右键单击，从弹出的快捷菜单中选择Display Style，打开Kinetix Configuration Display Style对话框。

在Options选项卡中，将Background color更改为white。在Style选项卡中，将Radius scale更改为1.3。

关闭对话框。

新的ZGBMultiSiteTraj.xkc视图应近似如下所示：

模拟过程中的构型

此示例显示了模拟的初始化阶段。可以单击Configuration Viewer工具栏上的按钮，逐步浏览每一帧构型；在计算结束时，位点占用率代表稳态条件。

9、添加横向相互作用

横向相互作用模拟了附近位点的化合物对过程（改变活化能）的影响。

在Kinetix中，横向相互作用通过指定一个过程中相关化合物及其邻近化合物组合的活化能变化来描述。当利用服务器进行计算，创建输入文件时，将合并到过程的最终描述中。

相互作用对于关联的化合物是对称的。因此，当与B相邻时涉及化合物A的过程的活化能变化，和与A相邻时涉及化合物B的类似过程相同。

fcc位点上氧原子之间的横向相互作用值已通过密度泛函理论计算得出(Jansen et al., 2005)。假设hcp位点的相互作用具有相同的值。CO分子间相互作用的数值取自kMC模拟的CO/Rh(100)程序升温脱附实验的拟合值(Jansen, 2004)。根据位点之间的距离和类似距离的其他体系的横向相互作用值，对不同穴位处CO和氧之间以及氧原子之间的相互作用值进行了估算。

对于相互作用中涉及的两种化合物之间的不同组合方式，需要添加三组横向相互作用。首先，将为CO-CO组合添加相互作用。

在原始ZGBMultiSite.xkp文件的Interactions选项卡中，从每个Interactions下拉列表中选择CO，设置cutoff为3.5 Å。单击Add按钮。

新的相互作用将添加到此选项卡的列表中，详细信息列在Interaction Details选项卡上。列出了最小和最大截止距离之间所有可能的位点组合。其中一些是与体系不相关的，例如，CO只能存在于顶位（位点索引为1）。

列出的许多相互作用详细信息通过晶格定义的对称性相互关联。虽然这些关系未显示在列表中，但在修改列表时，例如通过删除详细信息项或修改相互作用值，应进行考虑。

应从此过程的列表中删除不相关的相互作用详细信息，并为其余详细信息指定所需的相互作用值。

在Interaction Details选项卡上，选择任一Site for CO列中位点索引为2或3的一行（位点描述的第三个组分）。按下DELETE。

重复此操作以删除除顶位之间的相互作用之外的所有相互作用，因此所有剩余相互作用两个位点的索引均为1。

注意：Interactions Details选项卡不支持选择多行。

Interaction Details选项卡应如下所示：

Interaction Details选项卡

在继续下一步骤之前，应保存工程。

从菜单栏中选择File | Save Project。

也可以在此步骤之后，将文档和Materials Studio示例文件夹中预先保存的文件版本(ZGBMultiSite Stage 4.xkp)进行对比。

10、应用横向相互作用并运行模拟

默认情况下，已定义的任何相互作用将用于有条件地修改使用Arrhenius表达式作为速率规定的任何过程的活化能。在本教程前面的模拟运行中，没有定义相互作用，因此没有此类修改。

对于每一个这样的过程，横向相互作用改变活化能的程度由Brønsted-Polanyi factor控制，用α表示。

首次创建过程时，α被设置为一个取决于过程类型的值。该默认值对于计算目的来说是正确的，但是应该检查它们是否被意外更改。

在Process Details选项卡上，检查每个过程的详细信息。对于每个Desorption过程，应勾选Use interactions复选框，且Brønsted-Polanyi factor应为1.0。

对于每个Diffusion过程，应勾选Use interactions复选框，且Brønsted-Polanyi factor应为0.5。

现在可以运行另一个模拟计算，并将结果与未应用横向相互作用的前一个模拟进行比较。

打开Kinetix Calculation对话框。确保原始的ZGBMultiSite.xkc为当前文档，并选中了Constant conditions任务。

在Job Control选项卡上取消勾选Automatic复选框，将Job description设置为ZGB MultiSite With Interactions。

单击Run按钮，关闭对话框。

11、分析结果

应创建一个Concentrations的图表，并对ZGBMultiSite With InteractionsTraj.xkc文档中的显示模式修改成与之前的模拟中所使用的显示模式相同。

应与下图相似：

添加相互作用模拟时的平均浓度

应用相互作用模拟时的构型

现在可以将这些结果与添加横向相互作用之前生成的结果进行比较。可见CO的浓度稳定在约0.23的值，远低于之前的值，并且氧浓度也稳定在约0.06，而在之前的模拟中，它下降到约0.03。

此时，可以以.avi文件的形式导出轨迹，以便在演示文稿中播放。