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Electronic
Integration accuracy:指定在哈密顿量的数值积分中使用的精度 SCF tolerance:指定用于确定SCF是否已收敛的阈值 k-point set:定义将用于在倒空间中积分波函数的积分点的数量 Core treatment:DMol3中有四种类型的核心电子处理: All Electron(默认)-不提供对核心的特殊处理。所有电子都包括在计算中。 Effective Core Potentials(ECP)-用单个有效电势取代核心电子,降低计算成本。ECP在核心中引入了一定程度的相对论修正。 All Electron Relativistic-明确地包括所有电子,并将一些相对论效应引入核心。这是最准确的,也是计算成本最高的选项。 DFT Semi-core Pseudopots(DSPP)-用单个有效电势取代核心电子,降低了计算成本。DSP在核心中引入了一定程度的相对论校正。这些是基于DFT的势。 有效核势和DFT半核赝势不适用于元GGA交换相关泛函。 基组:指定将在计算中使用的原子轨道基组 MIN DN DND DNP TNP DNP+ Basis file:指定要使用的基组集文件的版本: 3.5 4.4 当“Basis set”集设置为TNP时,“Basis file”文件的选择不可用,因为它有自己的自定义基础文件。 当“Basis set”集设置为DNP+时,“Basis file”文件的选择不可用,因为此集仅适用于版本4.4。 DNP+集合的选择需要非常大的轨道截断。短截止可能导致压缩扩散尾近似产生的误差。 Delley(1990)对基组质量进行了详细分析。 基组集的4.4版是最新优化的集,提供略微改进的成型热。Delley在2006年描述了这一套。 版本3.5是原始基组集文件,默认为。
Orbital cutoff quality:指定原子基组的有限范围截断。轨道截止精度决定了有限距离截止的大小,并取决于轨道截止方案。可用选项包括: Coarse Medium Fine 还提供自定义选项。控制此选项的参数可以使用More...按钮 在离原子中心这个距离处,原子轨道取为零。减小截止值减少了计算所需的计算时间,但引入了较大的近似值。截止值必须介于3.25和20Å之间。使用过小或过大的截止可能导致SCF或几何优化计算过程中无法收敛。截断的最小推荐值为粗略质量值表中的值。最大值不应超过20Å。 Harris approximation:选中时指定在计算中使用哈里斯非自洽近似。这大大减少了所需的计算时间,但也降低了计算的准确性。Harris近似仅适用于使用LDA泛函进行无溶剂效应的自旋限制计算。 Use solvation model:选中指定将使用COSMO溶剂化模型时,可以在DMol3“电子选项”对话框的“溶剂”选项卡上设置更多详细信息。当使用溶剂化模型时,哈里斯近似不可用。默认设置为未选中。 对于使用COSMO溶剂化模型的所有计算,返回名为<seedname>Sigma Profile.xcd的COSMO Sigma Profile图。 More:该对话框提供对与电子哈密顿量相关的参数的更详细控制。
SCF tolerance:指定SCF密度收敛的阈值。当DIIS密度误差矩阵的最大(在幅度上)分量小于该值时,SCF过程被认为收敛到最小值。 这将覆盖“Electronic”选项卡上指定的SCF公差设置,将设置更改为“Customized”。 Max. SCF cycles:指定能量计算允许的最大SCF迭代次数。如果SCF在指定的迭代次数后没有收敛,则计算将终止。 Multipolar expansion:指定电荷密度多极表示中使用的最大角动量函数。可用选项包括: Monopole Dipole Quadrupole Octupole Hexadecapole 对于d电子占一半的元素,必须选择“十六极”进行多极展开。 Charge:指定用于混合当前迭代和先前迭代之间的电荷密度的值f。允许值为0.0<f≤1.0。例如,0.2的值将使用电流密度的20%和来自先前迭代的80%来构建电荷密度。 Spin:指定在当前迭代和先前迭代之间混合旋转密度时使用的值。允许的值=0.0到1.0。 Use DIIS:选中时,表示DIIS(迭代子空间中的直接反演Direct Inversion in the Iterative Subspace)将用于加速SCF收敛。 DIIS size:指定DIIS过程的子空间的最大数值。如果SCF不收敛于默认的历史数量,则增加该值有时可以显著提高SCF收敛性。不建议使用少于4个历史记录。允许值=1到10。 Use preconditioner:当检查时,表明电荷密度预处理器已打开,这会抑制连续SCF循环之间的电荷密度振荡。这可以加快收敛速度,特别是对于大型系统或表面或界面计算。 q0:指定用于阻尼电荷密度振荡的参考波矢量,单位为Bohr倒数。允许值=0.5到20。只有选中“Use preconditioner”复选框时,q0控件才会启用。 Use smearing:选中时,表示将对轨道占用应用热涂抹,以加快收敛速度。 Smearing:以Hartree为单位指定涂抹参数的值。仅当选中“Use smearing”复选框时,才会启用“Smearing”控件。在不引入热拖尾的情况下提高粗k点集收敛性的一种潜在方法是关闭具有defeat_ttrahedra关键字的四面体积分算法。 Apply dipole slab correction:选中时,将外部电势添加到板的真空区域。由于平板中的极性吸附质(或仅平板一侧的吸附质),该电势抵消了电池的非零偶极矩。这种校正对功函数计算特别有帮助。 偶极板校正仅适用于厚度至少为8Å的真空板。对于真空度不足的计算,将忽略偶极校正。偶极板校正需要P1对称性。如果界面的对称性不是P1,系统将提示您将对称性转换为P1,然后才能继续。DMol3中的偶极板校正要求真空的中心与晶胞的中心重合。Materials Studio将在计算之前相应地移动几何图形,以强制执行正确的真空中心。
计算中使用的Monkhorst Pack k点网格可以通过多种方式指定。对于立方单元和六边形单元的C方向,Monkhorst-Pack方案的偶数和奇数网格给出相同数量的k点。然而,均匀网格提供了更好的采样,并且在这些条件下总是自动使用。这确保了可以更经济地实现在指定目标处(或小于)具有k点分离的良好网格。因此,这种网格线栅格可能比要求的要细得多,因为奇数格被排除在外——尽管它们会更接近指定的间隔——而且更倾向于采用更好的偶数格。 Gamma point only:选中时,表示状态密度计算使用(0,0,0)处的单个k点。 Quality:选中时,使用适用于指定精度级别的k点分隔生成k点网格。 Separation:选中时,根据指定的k点分隔生成k点栅格。在相关文本框中指定k点间距,单位为Å-1。 选择“Separation”时,将导出Monkhorst Pack参数,以在相邻轴网点之间提供指定的栅格。 Custom grid parameters:选中后,使用Monkhorst Pack栅格参数和分别在栅格参数和原点偏移文本框中指定的分数倒空间坐标中的原点偏移生成k点栅格。 Grid parameters:在每个栅格方向上指定Monkhorst Pack栅格参数。 Actual spacing:显示k点间距,单位为Å-1,由每个晶格方向上当前指定的Monkhorst Pack网格参数产生。 Origin shift:指定分数倒空间坐标中Monkhorst Pack栅格的偏移。 只有选择“Custom grid parameters”选项时,才会启用栅格参数和原点偏移控件。 Display points…:显示将使用当前指定的参数生成的倒易空间网格点的数量和分数坐标。 如果系统的对称性改变,将在计算中使用的实际k点集合可能会改变。
Orbital cutoff scheme:指定如何确定轨道截断值。可用选项包括: Global-基于选定的“Quality”设置或指定的“Custom”截止值来确定截止值 Use current-使用指定给原子的轨道截断半径值 如果选择“Use current”选项,则必须为结构中的所有原子设置轨道截断半径值。如果任何原子具有未定义的轨道截断半径值,则计算将失败。 如果要在计算中使用Global轨道截止方案,可以通过以下两种方式之一指定: Quality:选中时,表示将使用适用于指定精度级别的Global轨道截止值。从下拉列表中选择所需的精度级别。所使用的Global轨道截止的确切值将取决于所研究结构中存在的元素。“Quality”全局设置不适用于研究含有不同原子的化合物之间的反应。原子截止半径的实际数值取决于系统中存在的原子,因此可以在产物和反应物之间变化,从而使结果不可预测。在这种情况下,建议使用恒定的自定义值作为全局截止值。 Custom:选中时,表示将使用“Global orbital cutoff ”文本框中指定的值。这将覆盖“ Electronic”选项卡上指定的轨道截止精度设置,将设置更改为“Custom”。仅当从轨道截止方案下拉列表中选择“Global”选项时,才会启用“Quality”和“Custom”控件。
Global orbital cutoff:指定全局轨道截断的值,单位为Å。 仅当为全局轨道截断方案选择了自定义选项时,才会启用全局轨道截断控制。 Assign:使用指定的“Global orbital cutoff”参数,将“OrbitalCutoffRadius”特性指定给当前结构中的选定原子(如果未选定,则指定所有原子)。这样的赋值可以与使用当前轨道截止方案结合使用。 仅当从轨道截止方案下拉列表中选择了全局选项时,“Assign”按钮才会启用。 为每个系统选择全局实空间截止作为该系统中每个元素特有的所有截止的最大值。 Cutoff_global=最大值(Cutoff_elementI) I⊂系统的元素 以下DMol3关键字可以写入到输出文件中: Cutoff_Global Cutoff_Element Cutoff_Atom
Use COSMO:选中时,表示使用类导体屏蔽模型(COSMO)模拟溶剂环境进行计算。使用COSMO溶剂化模型的所有计算都返回一个COSMO Sigma Profile图,名为<seedname>Sigma Profile.xcd。 Parameterization:确定COSMO文件与DMol3的COSMO-RS参数化的兼容性级别。可用选项包括: None DMol3 PBE:DMol3 PBE选项需要以下附加设置才能实现完全兼容性: Quality必须为Medium Functional必须是GGA和PBE Basis set必须是DNP Basis file必须为4.4 启动计算时,如果未指定这些选项,Materials Studio将显示警告。只有当您选中Use COSMO复选框时,参数化控制才会启用。 Solvent:选择一种溶剂作为计算的溶剂环境。选择溶剂时,“Dielectric constant”字段会自动更新为适当的值。如果指定的介电常数与选定溶剂指定的值不同,则“Solvent”将显示为“Customized”。 Dielectric constant:指定溶剂介电常数的值。选择“Solvent”时,此参数会自动更新为适当的值。但是,如果需要,可以输入自己的自定义值。只有当您选中Use COSMO复选框并且Parameterization(参数化)为None(无)时,溶剂和介电常数控制才会启用。
DFT-D选项卡允许您为范德华色散校正设置自定义参数。这可能涉及对通常不受支持的交换泛函的DFT-D校正的定义,对附加元素的支持的定义,或更改现有参数。 Use custom DFT-D parameters:指定是否使用自定义DFT-D参数。选中此复选框后,从下拉列表中选择要使用的范德华方案,选项包括: TS Grimme OBS 所选选项将自动更新DMol3“Calculation”对话框的“Setup”选项卡上的“DFT-D correction”设置。
Atomic parameters:原子参数 此表允许您编辑每个原子种类的色散校正参数。参数的类型和数量取决于所选的DFT-D方案,请参阅原始文献了解每个参数的含义和用法。单位是eV表示能量,Å表示长度。可用列为: Atom:表示要编辑的元素。 C6(eVÅ6):可用于TS和Grimme方案。 R0(Å):可用于TS和Grimme方案。 alpha(Å3):可用于TS和OBS方案。 I(eV):可用于OBS方案。 Rvdw(Å):可用于OBS方案。 “Atomic parameters”表中仅列出当前活动文档中的元素。每个方案包括半径(对于TS和Grimme为R0,对于OBS为Rvdw),该半径对于每个有源元件必须是非零的。 Scheme parameters:方案参数 方案参数是定义每个方案的函数形式的无量纲数字。有关每个参数的含义和用法,请参阅至的原始文献。根据为自定义DFT-D参数设置选择的范德华方案,可以指定的方案参数为: TS: sR, d Grimme: s6, d OBS: lambda, n 这些参数的默认值取决于在DMol3“计算”对话框的“Setup”选项卡上选择的交换相关性函数。两个方案参数都必须为非零,才能启动计算并写入输入文件。 Reset All:恢复网格中每个元素的默认设置。 |







