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Setup
Task:从下拉列表中选择Kinetix将执行的计算类型。可用选项包括: Constant conditions恒定条件 Temperature programmed温度程序 Potential programmed势能程序 More提供对所选任务的其他选项的访问权限。 Processes:指定用于计算的Kinetix进程文档(.xkp)。 Restart:选中并启用时,表示将继续早期的Kinetix模拟。配置文件的最终框架将用于新运行的初始配置,结果将附加到现有轨迹和数值结果上。 只有当固定位于多帧配置文档中时,才启用此选项。只有当重新启动的条件与产生原始运行的条件充分一致时,才能执行重新启动。特别是,必须使用相同的过程,并请求相同类型的计算任务。 Options…:打开“Kinetix设置选项”对话框。
Kinetix设置选项对话框允许您为随机数生成器指定特定的模拟方法和种子的特定值,以创建完全确定的可重复计算。 Simulation method:定义将用于服务器计算的模拟方法。可用选项包括: Automatic-如果计算设置(计算任务和所涉及过程的详细信息的组合)合适,则将使用可变步长方法。否则将使用第一反应法。 First reaction-将使用第一反应方法。 算法的选择不会影响结果(在总体统计意义上),但可能会影响模拟的效率或内存使用。自动选择通常会给出最有效的模拟,但在某些情况下,所涉及的过程、它们的反应速率和物种覆盖率的组合意味着第一反应将给出更有效的模拟。 Random seed:指定随机数生成器的种子。值-1对应于随机选择,Kinetix使用的任何正值都不会改变确定性计算。
“Kinetix Constant Conditions”对话框允许您指定模拟时间和参数,这些参数在计算过程中使用恒定条件定义模拟。 Temperature:以K为单位指定用于计算的恒定温度。只有当模拟中使用的某些过程的速率系数通过使用活化能和指数前来指定时,这才是相关的。 Pressure:指定用于计算的恒定压力。只有当模拟中使用的一些过程的速率系数是通过使用活化能和指数前因子指定的,并且指数前因子包含与压力相关的分量时,这才是相关的。 Simulation time:指定运行恒定条件模拟的总时间(以s为单位)。 Sampling interval:指定将对模拟进行采样并将数据写入日志文件的间隔(以s为单位)。这控制了图表和其他分析功能的粒度。 Configuration output every:指定记录更新配置的频率,以采样间隔的倍数表示。
“Kinetix Temperature Programmed ”对话框允许您指定模拟时间和参数,这些参数定义了计算过程中温度的线性变化。 只有当一些速率系数是通过使用活化能和预指数指定的时,此任务的设置才有意义。温度变化对使用所有速率系数的显式值的模拟没有影响。 Initial temperature:以K为单位设置模拟的起始温度。 Final temperature:以K为单位定义模拟的目标温度。 Heating rate:指定以K/s为单位的温度变化速率。 如果“Heating rate”值从正变为负,或从负变为正,则将交换“Initial temperature”和“Final temperature”值。 Simulation time:指定运行温度程序模拟的总时间(以s为单位)。 Sampling interval:指定将对模拟进行采样并将数据写入日志文件的间隔(以s为单位)。这控制了图表和其他分析功能的粒度。 Configuration output every:指定记录更新配置的频率,以采样间隔的倍数表示。
Kinetix势能程序对话框允许您指定模拟时间和参数,这些参数定义了计算过程中势能的线性变化。 该任务所使用的过程的速率系数中的至少一个必须使用活化能和预指数来指定。活化能应包括一个与势能相关的组分。势能的变化不会影响对所有速率系数使用显式值的模拟,或者如果没有指定势能的相关分量。 Initial potential:设置模拟的起始势能。 Final potential:定义模拟的目标势能,或者,如果选中Cycle potential”,则定义中点势能。 Potential change:指定势能变化的速率。 如果势能变化值从正变为负,反之亦然,则初始势能和最终势能值将互换。 Cycle potential:如果选中,则表明模拟将包括两个阶段,势能从初始势能向最终势能倾斜,然后返回初始势能。 Temperature:指定用于模拟的恒定温度,单位为K。 Simulation time:指定运行势能程序模拟的总时间(以s为单位)。 Sampling interval:指定将对模拟进行采样并将数据写入日志文件的间隔(以s为单位)。这控制了图表和其他分析功能的粒度。 Configuration output every:指定记录更新配置的频率,以采样间隔的倍数表示。 |




