Linux系统常见命令和操作

LAMMPS是在针对Linux系统开发的。虽然Windows系统也能用但是会出现很多问题，所以强烈推荐你使用Linux系统运行LAMMPS。要搞模拟你一定要熟悉Linux的命令行操作逻辑，要习惯使用脚本来写LAMMPS命令。很多软件包括开源的和商业的都是采用脚本控制的方式来执行的。

在Linux系统中使用最多的不是鼠标点点点，而是在终端中输入命令行来执行操作。执行一条命令是指在终端中输入该命令，然后回车执行。在Ubuntu系统中可以使用Ctrl+Alt+T来打开终端，其他Linux操作系统可以在软件列表中点击打开终端。这里只列举最常用的命令。

cd命令用来进入某个目录，比如cd /home就是进入home文件夹。在Linux中.表示当前目录，..表示上一级目录。ls命令列出当前目录下的所有文件和文件夹。pwd命令返回当前目录的路径。mkdir创建文件夹，如mkdir software表示在当前目录下创建software文件夹，mkdir /home/softeare，表示在/home文件夹下创建software文件夹。rm命令删除文件或文件夹。tar解压缩命令当压缩文件的扩展名是.tar.gz时可以使用tar -xvzf 压缩文件名，将压缩文件解压。which命令，查找可执行文件的路径，如which lmp_g++_mpich就是查找可执行文件lmp_g++_mpich的所在路径，如果返回路径那么这个命令就可以被系统找到，如果什么也没返回就是找不到。echo命令返回变量的值，如echo $PATH就是返回PATH的值。环境变量是指系统或软件定义的变量，一般用于文件查找。最常见的环境变量就是PATH，该变量记录了众多可执行文件的位置。如果一个可执行文件的路径被添加到PATH中了，那么在运行该文件时可以直接在终端中写该文件的名字，如果没有被添加那么就要写出该文件的绝对路径才能执行该文件。将一个路径添加到PATH中需要修改.bashrc文件。输入执行vim ~/.bashrc，就可以打开.bashrc文件，按i键进入编辑模式，将光标定位在文件末尾并添加以下一行

PATH=$PATH:<路径名>，按esc键退出编辑模式，输入:wq后回车，这样就保存好了刚才的编辑，并退出了.bashrc文件回到了终端。在终端输入source ~/.bashrc就可以是刚才的操作发生作用。sudo是临时取得root权限命令，当你要在系统目录中添加或修改文件的时候就需要把sudo加到执行命令前面，如sudo cp ./lmp /usr/bin就是把当前目录下的lmp文件拷贝到系统目录/usr/bin中。带有sudo的命令回车执行后需要输入用户密码，当你在输入密码的时候终端上不会显示密码，但是确实是输进去了，输完回车如果密码正确就开始执行命令了。其他命令可以百度能够找到大量资料。当你在使用Linux系统时需要问一个问题，你就百度，一定能找到答案。