润湿-LAMMPS的data文件导出

从MS中导出LAMMPS的data文件

在导出模型之前先做两件事，第一是把模型box在Z方向加大一点，可以避免Z方向上由于周期性而导致非物理的作用和现象发生，也就是说避免基底在液滴上方对水分子有作用，第二是给模型赋力场。

原来的模型Z方向box长53.72Å，现在扩大为200 Å，如下图所示，注意中间的图中不要勾选。

接下来是给模型赋力场，这是后面使用lammps自带的程序将模型转为data文件的关键一步，否则程序无法识别原子。注意按照下面图片中的步骤来，改勾选的地方勾选，不该勾选的地方不勾。

赋完力场之后就可以导出转成data文件了，导出格式为car，然后会在文件夹中得到两个文件Layer.car和Layer.mdf。

把lammps中自带的msi2lmp.exe和cvff.frc复制到存放Layer.car和Layer.mdf的文件夹，打开cmd，输入命令即可转化为data文件，如下图所示：

msi2lmp.exe Layer -class 1 -f \Users\Administrator\Desktop\wetting_on_cu/cvff  -i>info.data

注意使用cvff力场文件的绝对路径，否则会报错。用OVITO打开生成的data文件，如下图所示，生成的data文件box上下边界与MS中不一致，可以在data文件中直接修改即可。

接下来是修改势函数，直接从力场文件中导出的参数有时候会有错漏或者需要人为进行修改以适应研究目的。这里假设基底原子和水分子之间的相互作用由12-6 LJ势函数描述，水分子之间的相互作用由12-6 LJ势函数和库仑力来描述。并且润湿时基底固定不动，改变基底原子和水分子之间的势函数参数来调节基底的润湿性。因此基底原子与基底原子之间的相互作用参数可以随意设置，水分子这里假设使用spce模型，具体参数可从论文中获得。势函数参数可以写在data文件中，也可以写在in文件中。当势函数函数参数写在data文件里面时，在in文件中指定所需的不同原子间的相互作用的混合模式即可，在in文件中则可以直接指定不同原子间的相互作用，因此本文中的势函数参数均在in文件中。

感谢鲍路瑶老师的分享，内容来自于鲍老师分享出来的资料

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