基础教程

Avgadro界面

Avogadro 是一个分子编辑器，设计用来方便地构建和查看3D分子和材料。它可以在Windows、Linux和Mac上运行。

这本手册主要是在Mac上编写的，但是在任何计算机上的界面都应该非常相似。

当你最初打开Avogadro时，你会看到如下所示的屏幕。

Avgadro打开文件

你可能想做的第一件事是打开一个文件，在分子周围导航。为此，单击“File”菜单并选择 Open....

然后，您可以查看磁盘上的文件并找到合适的化学文件。由于Open Babel，大量的文件类型被支持，包括CML, XYZ, SDF, Mol2, PDB等。Avogadro提供了几个分子例子。

上面的屏幕截图显示了ethanol.cml文件，打开文件，使用默认的Ball and Stick显示类型显示。注意，当打开一个新文件时，Avogadro会从Draw Tool切换到Navigate Tool，这样你就可以在不编辑的情况下查看分子。 

Avgadro鼠标操作

您可以使用鼠标上的滚动轮来放大/缩小，或者按住鼠标中间的按钮并向上/向下移动鼠标光标。您可以通过按住鼠标左键并移动鼠标光标来旋转视图。您还可以通过按住鼠标右键并移动鼠标光标来转换视图。

注意:如果你的鼠标只有一个或两个按钮，你也可以使用修改键(shift和control)和鼠标左键来执行你通常使用鼠标中右键的动作。

Avgadro绘制分子

使用绘画工具构建和编辑分子。

左键点击黑色显示将允许你开始你的旅程进入分子创造。点击左键会生成一个碳原子。右击将删除原子。

左键单击初始原子并拖动鼠标将生成与另一个碳原子的键。

Avogadro使用碳作为默认元素。可以通过“Element”下拉菜单选择不同的元素。输入原子符号(例如，砷的“A-s”)是改变所选元素的快捷方式。

假设你想创造水。您可以输入“O”，或者从下拉菜单中选择“Oxygen (8)”，然后单击黑色显示。

在已经生成的原子上单击鼠标左键也会改变元素。在这种情况下，点击最初的碳原子会把它变成一个氧原子。

如果勾选“Adjust Hydrogens”框，分子中的氢原子将自动调整以满足原子价(如上所示)。

键序（Bond order）通过“Bond Order”下拉菜单或键入数字“1”, “2”, “3”来更改。通过左键单击已经创建的电荷来添加电荷。右键点击一个键会删除键和它所连接的原子。