限制/优化

Avogadro 允许一个对象相对于一个变量进行优化。下面是一个如何在优化分子时应用约束的例子。

Constraints

约束可以用于确定或忽略分子中特定的原子选择，也可以用于确定距离和角度。有关其他信息，请参阅本手册的“Auto-Optimization Tool”和“The Extensions Menu”部分。

Example

假设我们有一个二烯，我们想在优化分子其余部分的几何结构之前先把它固定在一个等斜面构象中(如下图所示)。画好分子后，检查标签显示类型，点击名称右侧的扳手。选择“Atom number”标签表单并关闭对话框。

这将标记所有的原子索引。

在我们应用约束之前，我们需要计算出原子之间的距离6. 按照下面显示的过程，选择度量工具，然后选择要对其应用约束的两个原子。这将在屏幕底部输出以埃为单位的距离。

从这里转到“Extensions”菜单，在“Molecular Mechanics”中，选择“Constraints…”。然后选择“Distance”作为约束的类型，输入长度(3.092 Å)和原子索引。选择“Add”，然后单击“OK”，以添加约束并关闭对话框。

Optimizations

然后可以应用优化来绕过约束。有关力场的更多信息，请参阅本手册的“Molecular Mechanics and Force Fields”。

Example cont.

现在(添加约束后)，Avogadro将选择性地保持cisoid构象，同时调整分子中其他原子的参数。

QTAIM显示了有机晶体中氢之间的隐式键合(隐式键合通过点来传递)。这个显示类型是通过从“QTAIM”导入.wfn文件来使用的，QTAIM是在“Extensions”菜单下的“Molecular Graph”选择。有关此过程的更多信息，请参阅本手册的Tutorial部分。

Ribbon

与Cartoon plugin类似，Ribbon插件将二级生物结构作为一个简单的Ribbon呈现。

Ring

这一特征可以根据戒指的大小来区分不同颜色的戒指。如下图所示，六元环是紫色的，五元环是蓝色的，等等。

Simple Wireframe

该特性提供了分子的基本线框显示。

Stick

Stick是另一种分子视觉显示类型，它呈现一个分子的Stick表示。

Surfaces

一旦创建了表面(Extensions Menu -> Create Surfaces…)，就可以使用表面显示类型。这种显示类型允许调整轨道、不透明度、渲染、样式和颜色。

Van der Waals Spheres

Van der Waals plugin 提供了经典的球面渲染范德瓦尔斯图像

Wireframe

与 Simple Wireframe不同, Wireframe 把原子和键序画进分子中。