分子力学/力场

UFF

UFF (Universal Force Field) 能够在元素周期表中重现最具结构性的特征。这种力场可以优化所有元素的几何结构，并且适用于无机材料和有机金属材料。

MMFF94(s)

MMFF94 & MMFF94s (designed by Merck), 尤其擅长处理有机化合物。MMFF94专门被参数化的烷烃,烯烃、醇、酚类、醚、醛、酮、缩酮,醛缩二醇、半缩酮,半缩醛、胺、酰胺、多肽类似物,尿素酶、胺、羧酸、酯类、羧酸盐阴离子,阳离子铵,硫醇,硫醇,二硫化,卤化物(氯化物和氟化物),亚iminium阳离子,胺N-oxides、羟胺、异羟肟酸、脒、胍,amidinium阳离子,胍盐阳离子,imidazolium阳离子,芳香烃和异芳香族化合物。

MMFF94和MMFF94s采用相同的函数形式计算势能。它们只在扭转和平面外弯曲参数上有所不同。MMFF94s中的s代表静态，这组参数更适合于输出为静态的任务。

这些力场还增加了静电荷和氢键(如下图所示)。

GAFF

GAFF (General AMBER Force Field) 常用于优化药物的几何形状. AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) 是一种常见的蛋白质力场。

GAFF 已经具体参数化的有机分子组成的C, N, O, H, S, P, F, Cl, Br，和I。

Conformer Search 

如何寻找低能构象

Start with your molecule of interest

Optimize the geometry

在找到一个低能量的构像之前，我们应该确保当前的几何体至少是一个接近最优的几何体。执行一个“Optimize Geometry”快速清理。

现在我们要改变力场和/或优化步骤的数量。

Change the force field options

你可能想要改变所使用的力场。MMFF94是有机类分子的良好默认值。如果该分子含有金属或其他异常，UFF是更好的选择。接下来，改变几何优化步骤的数量，为每个conformer测试，它将被优化。换成20或50这样的小数字，以便快速清理，防止化学键旋转时原子“clashing”。

Pick a search method and start the search

选择一个搜索方法。系统搜索是彻底的，但总会找到全局的最小值。优先考虑加权转子搜索或遗传算法搜索。

如果选择加权搜索，设置要测试的构象数(如200)。

如果你选择遗传算法搜索，设置选项，包括能量评分方法。

点击OK开始搜索。