自动优化工具

自动优化工具不断优化分子几何通过分子力学。该工具提供了一个交互界面，允许您操作一个分子，而它的分子几何结构正在优化。

Force Fields & Algorithms

自动优化设置提供了几个力场选项。Avogadro的默认力场是UFF(Universal Force Field)。UFF通常可以重现元素周期表的大部分结构特征。然而，根据被优化的分子，其他力场可能更适合优化分子参数。力场选项如下所示。有关力场的更多信息，请参阅本实验手册的优化几何部分。

“Steps per Update”的默认设置是4。这个数字可以优先增加或减少。如果您的计算机速度较慢，可以考虑减少这个数字。

Avogadro还可以根据需要应用特定的算法。最陡下降是默认的算法，并且具有最流畅的交互系统。

Fixing & Ignoring Selections

如果有必要，可以在优化之前将原子固定在适当的位置，这样它们就不会移动。这是通过进入“Extensions”菜单，将光标停留在“Molecular Mechanics”上，然后选择“Molecular Mechanics”。

点击“Start”将允许你通过左键点击一个原子并拖动光标来操作分子。注意，固定的原子不会随着分子的变化而弯曲。

如果勾选“Fixed atoms are movable”方框，则可以将原子间的键转换为新的构型。使用这个特性操纵一个键将会锁定该键，并显示对该分子施加的约束数。下面是使用此功能的电荷操作的夸张版本。

选择“Extensions”下拉菜单，将光标停留在“Molecular Mechanics”选项上，选择“Ignore Selection”将允许您忽略原子的选择。Avogadro登记一个被忽略的选项，就好像这个选项不存在一样。因此，优化只发生在那些没有被忽略的原子上。被忽略的原子仍然可以调整，如果忽略的原子是可移动的方框被选中，但是它们不会被优化。

分子将重新优化，直到dE=0或点击“Stop”。