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建模菜单Cartesian Editor… 1. Sort by… 2. Unit of Measure 3. Editing & Modifying Data Change H to Methyl Add Hydrogens Add Hydrogens for pH… Remove Hydrogens Insert Invert Chirality Super Cell Builder… Nanotube Builder… 构建菜单有助于简化构建分子的过程。
Cartesian Editor… 当选中时,“Cartesian Editor…”为您提供手动调整键长的功能。下面显示了笛卡尔坐标编辑器的对话框。
1. Sort by… 排序下拉菜单将重新排列对话框中的数据,为您提供方便。Sort by可以根据元素或原子的位置来排列数据。所有根据X、Y和Z坐标排序的数据都将从原子开始读到分子的最左边,然后一直读到原子的最右边。
2. Unit of Measure 阿伏伽德罗提出了三个测量单位来调整键长、埃、波哈尔和分数坐标。单元格必须定义为使用分数坐标。
3. Editing & Modifying Data 编辑数据非常简单,只需单击要编辑的数字,然后输入一个新坐标。单击“Apply”并返回到阿伏伽德罗显示屏幕后,您应该注意到原子已经改变了位置。 显示的数据也可以根据您的个人喜好进行修改,或者使用额外的插件。
Change H to Methyl “Change H to Methyl” 将用甲基取代显示窗口中的所有氢。下图是丙酮,它所有的氢都被甲基取代。
Add Hydrogens “添加氢原子”将满足氢原子的化合价。
Add Hydrogens for pH… “添加氢以达到 pH 值...”将创建一个对话框(如下所示),允许您调整分子环境的 pH 值。此功能将根据所需的 pH 值向肽中的可电离基团添加(或减少)酸性氢。
Remove Hydrogens “删除氢”将删除显示屏中的所有氢。
Insert “插入”提供了一种更快、更简单的构建分子的方法。如下图所示,您可以插入DNA/RNA、片段、肽,也可以插入基于SMILES文本的分子。
Invert Chirality “反转手性”将初始手性反转(反转)为相反的R/S配置
Super Cell Builder… 关于超胞构建器的信息可以在“构建和编辑晶体和材料”部分找到。 Nanotube Builder… 有关在阿伏加德罗构建碳纳米管的信息,请参阅“构建分子”部分。 |










