构建分子

选择“File” 菜单

然后，选择“Import”, 和“Fetch by chemical name…”

将弹出一个对话框(如下图所示)，您可以在其中键入任何化学名称。

点击“OK”后，Avogadro会将分子导入到观察屏幕中。

网上下载这种分子可能需要几秒钟甚至一分钟。Avogadro使用美国国立卫生研究院的“Chemical Resolver” http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure将名称转换成分子结构。

Importing from the Protein Data Bank (PDB) 

您可以从

Importing Directly

旧版本的Avogadro在直接访问PDB时,有一个错误(因为网站已经转移)，但是使用v1.2.0，你可以再次使用File> Import > Fetch from PDB…来下载蛋白质。

将出现一个对话框，允许您输入PDB代码(例如，1CRN表示crambin)

这就是直接从网站上获取的PDB数据。

Reading a Downloaded PDB file

如果直接导入不工作，你也可以自己使用网站。进入http://www.rcsb.org/并选择一个蛋白质，然后下载该文件的“PDB File (text)”格式。从下载文件夹中，你可以将文件拖放到Avogadro的显示屏上，或者拖放到Avogadro应用程序的图标上。

拖放文件将打开带有晶胞的PDB导入(Avogadro显示所有PDB导入的晶胞)。

如果不需要晶胞，您可以在“Crystallography”菜单中选择“Remove Unit Cell”来移除晶胞。

如果不需要晶胞，您可以在“Crystallography”菜单中选择“Remove Unit Cell”来移除晶胞。