分子表面作用

除了构建晶体表面外，Avogadro的新特性使得考虑分子-表面相互作用变得容易。这一课将在“Building a Crystal Surface”这一课结束时开始。 

Start with a generated Crystal Surface

生成所需的晶体表面。Avogadro将使表面细胞居中，排列在XY平面上，平板原子定义在Z = 0以下。平板构建器还在z轴上留出了很大的空间，以便插入分子进行表面相互作用的计算。您可以如上所示控制填充。

New Window:创建一个新的分子

在一个新窗口中，画出所需的分子，或者打开一个文件。这里我们考虑乙醇。

我们可以用“Align Tool”来旋转分子使其与原点的OH基团对齐，使分子沿z轴对齐。

我们将点击末端的H原子(它将被翻译到原点)，然后是碳原子(它将定义分子的z轴)。

在定义了原子之后(它们将显示选中的彩色球体和数字)，单击“Align”按钮来翻译和旋转分子。

您可能希望更改当前的相机视图。Choosing View > Align View to Axes将重置视图，以投射分子的z轴指向您。

完美!现在我们可以把乙醇复制到表面文件中。

复制之后，我们可以切换到surface。

现在我们把乙醇分子粘贴进去。

请注意，乙醇现在是嵌入在表面，按需要居中。操纵工具已经被选择，允许我们根据需要平移分子。

以指定准确的数额，以翻译或旋转的选择(即，我们刚刚粘贴的分子)。在这里，我们已经指定了我们想要沿着z轴移动分子+ 2.5A，在表面上，然后点击“Apply”完成。如果位置不合适，我们也可以绕z轴旋转。

在这里，我们已经翻译了乙醇2.5 Å以上的Ag <121>表面，并准备提交一个计算。