Solvation Free Energy

Contribution: 指定要计算的自由能量贡献。指定“全部”将在一次计算中计算所有贡献。

Algorithm: 指定用于计算溶剂化自由能的算法。

Equilibration steps:平衡步数，默认值=5000

Production steps: 采样步数，默认值=10000

Dynamics options:，该对话框允许您指定在计算的平衡和生产阶段使用的动力学选项。

Geometry optimization options:该对话框允许您指定平衡运行之前的几何优化阶段的详细信息。

Coupling parameter:指定耦合参数的间隔以及该间隔中的步数。相反的过程可以通过指定从1到0的耦合参数来实现。

Start: 默认值为0.0。

End: 默认值为1.0。

Steps: 默认值=20。

对于反向过程，所报告的自由能的符号被反转，从而与正向过程的符号相匹配。

Solute atoms:将选定的原子添加到SoluteAtoms集合：使用活动的3D原子文档中当前选定的原子创建一组名为SoluteAtomics的原子。如果已经为活动文档定义了名为SoluteAtoms的集合，则任何尚未成为该集合成员的选定原子都将添加到该集合中。

将在一次计算中计算所有贡献

All (default)：全部（默认）

Ideal：理论值

van der Waals：范德华力

Electrostatic：静电力

Thermodynamic integration：TI热力学积分

Acceptance ratio：Bennett接受比例法

自由能微扰法：Free Energy Perturbation (FEP)

热力学积分法：Thermodynamic Integration (TI)

Bennett接受比例法：Bennett Acceptance Ratio (BAR)

多态Bennett接受比例法：Multistate Bennett Acceptance Ratio (MBAR)

关于这几种自由能计算方法，有几条建议：

当所有能量差都可以得到时，推荐使用MBAR方法。可以证明，在多态模拟时，该方法可以给出最小误差估计；

BAR方法是MBAR方法的一种特例。在λ中间态重叠性足够好时，BAR可以给出与MBAR一样好的结果；

在中间态窗口足够多的时候，TI方法通常可以给出与MBAR方法一致的结果。但是其积分误差很难预先估计；

WHAM方法是MBAR方法的近似，没有令人信服的理由证明选用WHAM方法而不用会更好的MBAR方法。