Energy

Forcefield: 指定要在计算中使用的力场

Charges: 从下拉列表中选择一种计算原子电荷的方法，用于评估静电相互作用。

Quality: 指定能量计算的精度。在基于原子和选择群内关于静电和范德华相互作用求和的情况下，精度水平影响Ewald求和的Ewald精度和非键截止距离。

Electrostatic: 从下拉列表中选择用于静电作用的求和方法。

Atom based

Group based

Ewald

PPPM

van der Waals: 从下拉列表中选择用于范德华作用的求和方法

Atom based

Group based

Ewald

只有当周期性结构在范围内时，静电和范德华相互作用的Ewald选项才可用。

静电相互作用的PPPM选项仅在结构为3D周期性时可用。

More：包括基于组的方法和Ewald方法以及EAM力场，在使用GPU时不可用。

Summation method：从下拉列表中选择用于确定非键能的方法。可用选项包括：

Atom based

Group based

Ewald

PPPM

可用的选项取决于系统的周期性和选定的力场。例如，Ewald选项仅在周期性系统在范围内时可用，PPPM仅在系统为三维周期性系统时可用。对于嵌入原子模型力场（FinnisSinclair，ZhouJohnsonWadley，SuttonChen，DaiKongLiLiLiu），只有基于原子的求和方法可用。

Truncation：从下拉列表中选择要应用于基于原子和基于基团的方法的非键能项的截断类型。可用选项包括：

Cubic spline -将执行非键能项从其全值到零的三次样条规

None-不应用截断，也就是说，将计算结构中所有原子之间的所有非键相互作用

只有当“Summation method”方法设置为“Atom based”或“Group based”时，才会启用“Truncation”控件。

三次样条截断必须应用于周期系统，或者如果使用基于组的求和。因此，当周期性系统在范围内或“Summation method”方法设置为“Group based”时，“None”选项不可用。

对于嵌入原子模型力场（FinnisSinclair，ZhouJohnsonWadley，SuttonChen，DaiKongLiLiLiu），只有三次样条截断方法可用。

Cutoff distance：指定截止距离，单位为Å，对于基于原子和基于基团的求和，相互作用能量设置为零。

只有当“Summation method”方法设置为“Atom based”或“Group based”时，并且“Truncation”设置为“Cubic spline ”时，“Cutoff distance”控件才可见并启用。

Ewald accuracy：指定Ewald总和的精度，单位为kcal mol-1。

只有当“Summation method”方法设置为“Ewald”时，Ewald精度控制才可见。

PPPM accuracy：指定PPPM方法的精度，单位为kcal mol-1。

只有当总和方法设置为PPPM时，PPPM精度控制才可见。

也可以使用“Energy”选项卡上的预设“Quality”设置来设置截止距离、Ewald精度和PPPM精度参数。有四种精度级别可用：“Coarse”、“Medium”、“Fine”和“Ultra-fine”。下表列出了与这些精度水平相关的值。

如果为这些设置中的任何一个输入自己的值，“Quality”将在“Energy”和“Setup”选项卡上显示为“Customized”。

氢键的非键截止距离与为能量计算选择的精度设置无关，因此无法使用“Energy”选项卡上的“Quality”进行设置。

Spline width：当三次样条截断方法用于基于原子和基于群的求和时，指定非键相互作用从其全值到零的区域的大小，单位为Å。样条曲线宽度为零将关闭样条曲线插值，相当于直接截断。

只有当“Summation method”方法设置为“Atom based”或“Group based”，并且“Truncation”设置为“Cubic spline”时，“Spline width”控件才可见并启用。

Repulsive cutoff：指定截止值，单位为Å，用于截断Ewald求和对范德华能量的排斥贡献。

只能为范德华相互作用的Ewald求和指定排斥截止，因此只有当从对话框顶部的列表视图中选择vdW并且求和方法设置为Ewald时，排斥截止控制才可见并启用。

Buffer width：指定创建非键邻居列表时要使用的缓冲区的大小，单位为Å。当任何交互对移动超过该距离的一半时，将重新创建邻居列表（如果使用）。这不会影响任何计算值，但会影响计算时间。

如果“Truncation”设置为“None”，则“Buffer width”控件将被禁用。

Apply long range correction：如果选中此选项，则应用校正以考虑范德华项的截断。

如果“Summation method”方法设置为基于原子或基于组，并且仅对三维周期性系统启用，则此控件可见。对于嵌入式原子模型力场，它总是被禁用（FinnisSinclair，ZhouJohnsonWadley，SuttonChen，DaiKongLiLiu）。

Use lookup table：如果选中，这将通过预先计算静电相互作用的真实空间部分的查找表来加速力计算。

如果求和方法为Ewald或PPPM，并且仅对3D周期性系统启用，则此控件可见。

Calculate automatically:选中时，表示力场类型将在模拟开始时自动计算。

有时，自动计算的力场类型不合适。可以使用“Assign”按钮或“Properties Explorer”手动应用力场类型。然而，在正常情况下，不需要手动分配，对于大型系统来说，这可能是一项耗时的任务。

当自动分配失败时，有必要手动分配力场类型。在这种情况下，应首先取消选中“Calculate automatically”复选框，然后选择适当的力场类型，最后单击“Assign”按钮将力场类型应用于系统，以防止自动键入。

当您使用COMPASSII、pcff或cvff力场时，应分配正确的正式电荷，以便分配正确的力场类型。

这对于自动分配可能不合适的金属、金属卤化物和金属氧化物原子尤其重要。如果不确定，请查看当前模块的“Preparation Options”对话框上的“Description of the Forcefield type”。

对于离子结构，例如金属氧化物，金属和氧原子之间的键主要是离子的。这意味着共价键的概念不适用于这些结构，必须删除该键才能进行计算。相反，原子必须结合，这样力场类型引擎才能检测原子的环境，从而正确预测成键。

在这种情况下，应使用键入引擎为原子指定力场类型和电荷，然后在执行任何计算之前移除键。否则，计算将查找不存在的键参数，并且计算将失败。

Bond order：键序

Calculate automatically: 选中时，表示将在模拟开始时自动计算适用于通用力场的键序。这些键序用于构造在能量表达式中使用的力场参数。默认值=选中。与力场类型一样，可以手动指定键序，但不建议这样做。

只有在“Universal力场”用于模拟的情况下，即“Forcefield type”对话框的“Energy”选项卡上的“Forcefield type”已设置为“Universal力场”时，才能计算键序。

Calculate：计算所选分子片段的键序。这对于已经制备并随后扩展的系统是有用的，例如已经添加了一个或多个分子。只要没有与原始系统建立连接，就可以选择新的子结构，然后在不影响原始结构的情况下计算键序。

Charges: 从下拉列表中选择一种计算用于评估静电相互作用的原子电荷的方法。

对于Dreiding和Universal力场，可用选项包括：

Use current (default)

Charge using QEq

Charge using Gasteiger

如果选择COMPASSII、cvff或pcff力场，则默认为“Forcefield assigned”，因为电荷分配是存储在这些力场定义中的参数的一部分。

Calculate: 使用指定的电荷方法确定当前选择中原子的原子电荷。

Charge groups：电荷组

Calculate automatically: 选中时，表示将在模拟开始时自动计算电荷组。默认值=选中。

只有当结构尚未包含有效的电荷组时，才会自动计算电荷组。

静电和/或范德华相互作用必须使用基于组的求和方法（即，静电或范德华已根据“强制计算”对话框的“Energy”选项卡设置为“组”），以便自动计算电荷组。

More：该对话框允许您计算、定义和删除充电组。