详细内容

gro格式说明

具有“.gro”文件扩展名的文件存储了以Gromos87格式编码的分子结构信息。这些文件可以通过简单的文件拼接操作,被处理为分子动力学模拟中的轨迹数据

image.png

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第一行:注释行

第二行:原子数目 左对齐


说明 格式 对齐

1-5 残基序号 整数 右

6-10 残基名 字符 左

11-15 原子名 字符 右

16-20 原子序号 整数 右

当原子或者残基数量超过99999后就按0开始重新排号

21-28 直角x坐标nm 8.3 右

29-36 直角y坐标nm 8.3 右

37-44 直角z坐标nm 8.3 右

45-52 x方向速度nm/ps 7.4 右

53-60 y方向速度nm/ps 7.4 右

61-68 z方向速度nm/ps 7.4 右


盒子晶体描述a(x,y,z) b(x,y,z) c(x,y,z)

小数点后5位

自由格式,空格分隔

a(x) b(y) c(z)   a(y) a(z) b(x) b(z) c(x) c(y)

最后六个值可以省略并设为0.00000

Gromacs仅支持满足a(y)=a(z)=b(z)=0条件的盒子


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