其他文件

dat通用，更常用于输入

edi 用于gmx mdrun的本性动力学约束输入文件

eps 封装 Postscript

log 日志文件

map 用于gmx do_dssp的颜色映射输入文件

mtx 二进制矩阵数据

ou 通用，更常用于输出

tex LaTeX 输入文件

xpm ascii 矩阵数据，可使用gmx xpm2ps转换为eps

xvg xvgr 输入文件

其他文件-dat

具有 dat 扩展名的文件包含通用的输入或输出数据。由于无法对所有数据文件格式进行分类，GROMACS具有一种名为 dat 的通用文件格式，没有限定任何格式。

其他文件-mtx

具有 mtx 扩展名的文件包含了矩阵。文件格式与trr格式相同。目前，这种文件格式仅用于 Hessian矩阵，这种矩阵由gmx mdrun生成，并由gmx nmeig读取。

其他文件-xpm

GROMACS xpm 文件格式与 XPixMap 格式兼容，用于存储矩阵数据。因此可以使用 XV 等程序直接查看 GROMACS xpm 文件。或者，也可以将其导入 GIMP 并缩放到 300 DPI，对字体和图形使用强抗锯齿效果。xpm 文件中的第一个矩阵数据文本行对应于矩阵的最后一行。除 XPixMap 格式外，GROMACS xpm 文件可能包含额外的字段。当使用gmx xpm2ps 将 xpm 文件转换为 EPS 文件时，会使用这些字段中的信息。可选的额外字段为：

• 在 gv_xpm 声明之前：title，legend，x-label, y-label 和 type，这些字段后面都要跟着一个字符串。legend 字段指定图例标题。type 字段后面必须跟着 "continuous" 或 "discrete"，它决定了在 EPS 文件中使用哪种类型的图例，默认为连续型。

• xpm 颜色映射条目后面可以跟着一个字符串，该字符串为相应颜色的标签。

• 在颜色映射和矩阵数据之间，可以出现 x-axis 和/或 y-axis 字段，它们指定相应轴的刻度标记。

下面的 GROMACS xpm 示例文件包含了所有额外字段。附加字段中的 C 注释分隔符和冒号是可选的。

其他文件-tex

我们使用 LaTeX 进行 文档处理。虽然输入并不是那么用户友好，但与 word 相比有一些优势。

• LaTeX 很了解格式，可能比你知道的还多。

• 输入很清晰，你总是知道自己在做什么

• 它可以用于任何文档，从信件到毕业论文。

• 更多…

其他文件-xvg

几乎所有 GROMACS 分析工具的输出都可以直接作为 Grace 的输入，这个程序以前称为 Xmgr。我们使用 Grace，因为它非常灵活，而且它也是自由软件。它可以输出 PostScript(tm)，这种文件非常适合包含在如 LaTeX 之类的文档中，也适用于其他文字处理程序。使用 GROMACS 数据的 Grace 示例如下所示：

其他文件-map

这类文件将矩阵数据映射到 RGB 值，用于gmx do_dssp程序。它的格式如下：第一行：指定颜色映射的元素数目。接下来的每一行：第一个字符为蛋白二级结构类型的编码。然后是用于绘图图例的字符串，然后是 R（红色）G（绿色）和 B（蓝色）值。在下面的示例中，颜色为（按出现顺序）: 白色，红色，黑色，青色，黄色，蓝色，品红色，橙色。

其他文件-edi

具有 edi 扩展名的文件包含的信息可用于gmx mdrun运行使用本性动力学约束的分子动力学。以前可以通过 WHAT IF http://swift.cmbi.ru.nl/whatif/ 程序提供的选项生成这种文件。

其他文件-eps

eps 文件格式不是特殊的 GROMACS 格式，只是标准 PostScript(tm) 的一种变体。由gmx xpm2ps程序生成的示例 eps 文件如下。它显示了多肽的二级结构随时间的变化。

其他文件-log

日志文件由某些 GROMACS 程序生成，通常采用人类可读的格式。可以使用 more logfile 命令查看。

其他文件-dlg

dlg 文件格式用作gmx view轨迹查看器的输入。这些文件不应由最终用户更改。

其他文件-out

具有 out 扩展名的文件包含了通用的输出信息。由于无法对所有数据文件格式进行分类，GROMACS具有一种名为 out 的通用文件格式，没有限定任何格式。