退火淬火

退火模拟就是升高温度，再环境降低温度，目的是用来找到近似全局最小化的构象

从初始设定温度进行耦合

再升高温度，再逐次降温到初始温度

这整个过程叫做退火

可以反复进行这个过程

这个叫做周期性退火

找到能量最低构象更精准

如果你需要找构象然后再找MD进行计算的时候，时间适当就行

如果你是需要分析每次温度变化的内容

这个时候你一定要去保留上面的轨迹，维持温度的时间一定要足够长

不然你没有办法进行去分析

有些溶液体系可以不用退火去处理

有些高分子材料或者涉及到相变体系需要去用退火处理保障你的初始结构没问题

有些体系就别做退火了，或者说温度最高点别乱设置，基于实验来

比如蛋白体系，你放1000℃，毛都烧起来了，还模拟啥，合理性要有

淬火的目的就是模拟淬火得到你要的结果

淬火就是在高温下然后极速降温的过程，得到材料会不一样

可以用来研究相变的过程

合金中用的比较多

你打铁的淬火和退火是两个不同的热处理过程

其结构上的区别主要在于淬火产生硬化和脆性

的马氏体晶体结构

而退火则使金属材料恢复到稳定的晶体结构

并改善其可塑性和韧性

你也可以在淬火的过程中进行不断提取构象，然后进行某个温度在进行计算

分析淬火到不同温度后的结构

在淬火中的升高温度不能造成事实上的结构破坏，否则没有意义

淬火动力学构象搜索的原理

是在分子动力学模拟中，从高能状态开始

逐渐降低温度，并实时更新分子的构象

在高温状态下，分子处于无序状态，

具有较高的能级和较多的构象

随着温度的降低，分子逐渐趋向于低能构象

并在低温下达到稳定状态

与上面说的类似，但是他最后不是去做md进行分析

他为了加快速度直接进行能量优化

再看结构，所以与上面说的有一定区别

可以考虑直接从0K进行升温处理