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第六章 分子绘图方法时间：2025-06-14 VMD中的每个分子都被绘制为分子的几个表示的集合。表示只是绘制分子的一种特殊方式，由以下几个特征组成： •atom selection，决定分子中的哪些原子将包含在视图中。在图形窗口底部的文本输入字段中输入此选择。原子选择不适用于绘制体积数据，如电子密度图、静电势图等。第6.3节描述了用于选择原子的语法。 •drawing method（表示风格），它决定了原子、键和分子的其他组成部分的形状。第6.1节描述了VMD中可用的渲染方法。 •coloring method，它决定如何为视图中包含的每个原子和键着色。“图形”窗口包含用于在窗口右侧设置着色方法的控件。第6.2节描述了VMD的着色方法。 •material，它决定了渲染分子时使用的亮度，不透明度和其他照明和阴影特性。 一个分子可以包含任意数量的不同表示，并且可以通过创建具有不同选择、着色方案和渲染方法的视图来生成分子的复杂图片。例如，在一种视图中可以将蛋白质骨架绘制为光滑的管状，而在另一种视图中可以将蛋白质中的重要残基绘制为球体或甘草键。 当一个分子第一次被加载时，它被赋予一个“默认”视图，它将把所有的原子绘制成线和点，并根据它是什么类型的元素给每个原子上色。
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