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蛋白质小分子结合时间：2025-04-28
使用DOCK6软件分别对同样的化合物进行针对MMP2和MMP9分别比较其结合模式差异以及结合能的大小。并使用PyMOL绘制对应结合的图像。 本研究以 …… 为靶标，分别使用 PDB 编号为 ……的蛋白质三维晶体结构进行分析。使用 MGLTools 软件（版本 1.5.7）2对蛋白质及配体进行预处理操作，包括去除水分子、添加极性氢、计算 Gasteiger 电荷以及设定可旋转键等步骤。参考原始配体的结合位点，选择其周围 10 Å 范围内的氨基酸残基作为对接区域。分子对接模拟采用 AutoDock Vina 软件（版本 1.1.2）3 进行，在默认参数下完成多次对接计算，并根据结合自由能筛选亲和力最强的复合物构象用于后续分子动力学模拟。 该案例由生物计算团队案例提供 如果需代算可联系中介-邱新龙帮忙联系 +V 19907905031 具体项目方案，双方进行明确沟通 |
