RMSD分析

均方根偏差（RMSD）是分子动力学模拟中常用的一种指标，用于量化模拟过程中分子结构相对于参考构象的变化程度。较小的 RMSD 值通常意味着分子结构较为稳定，而较大的值则表明结构发生了较大变化。蛋白 B 蛋白与小分子小分子 C 结合的 RMSD 分析如图 1-1 所示,图 1-1A 中，红色平滑曲线显示了蛋白B-小分子 C 复合物在整个模拟过程中的 RMSD 变化趋势，平均 RMSD 值为 1.85 Å，表明该复合物整体上保持了较好的结构稳定性。从图 1-1B 中可以看出，蛋白B 蛋白质骨架的 RMSD 值（平均 1.31 Å）低于配体（平均 3.18 Å）和结合位点（平均 1.93 Å），这可能表明蛋白 B 蛋白质骨架在复合物中相对更稳定。结合位点和配体的 RMSD 值相对较高，这可能反映了在模拟过程中配体与蛋白质结合位点之间的相互作用和构象调整。此外，RMSD 分布图显示了不同组分 RMSD值的分布范围，其中蛋白 B 蛋白质骨架和结合位点的 RMSD 分布较窄，表明它们的构象变化较小，而小分子 C 的 RMSD 分布较宽，表明其在模拟过程中可能经历了较大的构象变化。这些信息对于理解蛋白 B-小分子 C 复合物的结合稳定性和构象灵活性具有重要意义。

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