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RMSF分析时间：2025-04-28 RMSF（均方根波动）分析是分子动力学模拟中评估蛋白质残基和配体原子波动性的重要工具。RMSF 值反映了模拟过程中原子或残基相对于参考构象的波动程度，较高 RMSF 值通常与较大的结构柔性相关，有助于识别蛋白质的功能区域和结合位点，进而理解配体结合模式和药物-靶标相互作用。蛋白 B 蛋白与小分子小分子 C 结合的 RMSF 分析如图 1-2 所示,图 1-2A 中，蛋白 B 蛋白的 RMSF值分布显示，波动较大的残基主要集中在 THR2、SER3 等残基，提示这些区域可能是蛋白质的柔性环或功能关键区域。图 1-2B 中，配体原子的 RMSF 值分布显示波动较大的原子（如 O3, C4）主要集中在配体的特定部分，这可能影响其结合稳定性。 结合位点残基与配体原子波动模式的关联性表明，结合位点残基的波动可能影响配体的结合模式和稳定性。例如，配体中波动较大的原子可能与结合位点残基的波动有关，从而影响药物的结合亲和力和选择性。
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