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氢键分析时间：2025-04-28 氢键在蛋白质-配体结合中起着至关重要的作用，它们对复合物的稳定性贡献显著，并影响结合强度。氢键的几何特性，包括供体-受体距离和供体-氢-受体角度，直接影响氢键的强度和稳定性。蛋白 B 蛋白与小分子小分子 C 结合的氢键分析如图 1-6 所示,图 1-6A 中，氢键几何特性的分布显示，大多数氢键具有理想的几何特性，这为蛋白质-配体相互作用提供了稳定的能量贡献。图 1-6B 中，氢键数量随时间的变化表明，尽管氢键数量有波动，但整体上保持稳定，这表明结合模式一致且持久。图 1-6C 中的氢键网络演化热图揭示了蛋白质-配体相互作用网络的时间演化特征，其中关键残基在氢键网络中起着核心作用。氢键分析的主要方法包括定义氢键的几何条件（如供体-受体距离通常在 1.5-3.5 Å 范围内，供体-氢-受体角度在 150-180°范围内），并使用分子动力学模拟数据进行统计分析。通过分析氢键数量、几何特性和网络随时间的变化，可以评估氢键对结合稳定性的贡献，并识别关键氢键残基及其在结合中的作用。氢键网络的动态演化特征对于理解蛋白质-配体识别机制具有重要意义，并且对于药物优化和设计具有潜在指导意义。
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