Force Field Converter

力场转换器采用CHARMM PSF和CRD文件并生成具有所选力场的输入文件。

请注意

上传的PSF和CRD文件应与CHARMM FF兼容。

力场转换器使用最新版本的FFs进行转换/输入生成。

如果系统含有配体分子，则应上传相应的配体FF。

目前，力场转换器仅限于：

CHARMM FF：NAMD、GROMACS、Amber、OpenMM、GENESIS、Desmond和LAMMPS输入生成

Amber FF：GROMACS、Amber和OpenMM输入生成

OPLS-AA/M FF：NAMD和GROMACS输入生成

参考文献

S. Jo, T. Kim, V.G. Iyer, and W. Im (2008)

CHARMM-GUI: A Web-based Graphical User Interface for CHARMM. J. Comput. Chem. 29:1859-1865

J. Lee, X. Cheng, J.M. Swails, M.S. Yeom, P.K. Eastman, J.A. Lemkul, S. Wei, J. Buckner, J.C. Jeong, Y. Qi, S. Jo, V.S. Pande, D.A. Case, C.L. Brooks III, A.D. MacKerell Jr, J.B. Klauda, and W. Im (2016)

CHARMM-GUI Input Generator for NAMD, GROMACS, AMBER, OpenMM, and CHARMM/OpenMM Simulations using the CHARMM36 Additive Force Field. J. Chem. Theory Comput. 12:405-413

J. Lee, M. Hitzenberger, M. Rieger, N.R. Kern, M. Zacharias, and W. Im (2020)

CHARMM-GUI supports the Amber force fields. J. Chem. Phys. 153:035103

第1步

CHARMM:

PSF 文件: 蛋白结构文件(protein structure file), 描述了系统的拓扑结构

CRD 文件: 坐标文件(coordinates), 描述了原子的坐标

RTF 文件: 残基拓扑文件(residue topology file), 描述了每个残基的拓扑结构

PRM 文件: 参数文件(parameter file), 描述了力场参数

DCD 文件: 轨迹文件

第2步

第3步