Glycolipid Modeler

Glycolipid Modeler简化了从一组预定义的糖脂以及用户定义的糖脂序列生成各种糖脂结构和PSF文件。

请注意

PI-神经酰胺和PI-二酰甘油分别phosphatidylinositols连接到神经酰胺和二酰甘油脂质上。

糖只能附着在phosphatidylinositol的2个和6个位置。

还为选定的糖脂提供了GROMACS和AMBER的拓扑和参数文件。

请注意

视频演示中有一个配体阅读器和建模器演示来说明如何使用这个模块。

此页面由Marvin JS提供支持。请参阅其用户指南以获取帮助。

仅识别PDB文件中HETATM记录中的分子。

由于碳水化合物通过聚糖阅读器在PDB阅读器中自动识别，因此不处理碳水化合物。

当PDB文件中有多个相同配体的分子时，只有一个结构用于输入生成。

配体结构及其拓扑和参数文件基于Marvin JS上显示的结构。因此，请确保Marvin JS结构正确，包括手性和键序。

•在“Load PDB ID”和“Load Ligand ID”的情况下，根据所选配体的RCSB SDF文件显式生成氢原子。在“Upload PDB File”的情况下，配体阅读器和建模器检查所选配体是否在RCSB化学成分字典中可用。如果所选配体结构与RCSB SDF结构的结构或子结构相同，则从SDF结构中取出氢原子；否则，根据原子类型生成以填充“隐式价”。用户可以在必要时修改质子化状态。

所有氢原子和缺失的原子都应该明确放置，以获得准确的结果。

如果使用Marvin JS修改上传的结构，则未修改的重原子的坐标将被保留。

请使用提供的选项或右键详细绘制配体，包括手性、键类型和原子电荷。

对于类脂分子（具有长酰基链），使用最大公共子结构的类似结构搜索将是不可能的。

组合结构生成是可能的。请参阅R-Group。

如果PDB结构具有多个链，未修改的链将与修改的配体组合到PDBID_modified. pdb文件中。该文件可用于其他CHARMM-GUI模块。

糖脂介绍

糖脂（英语：Glycolipid）是通过糖苷键连接的碳水化合物的脂质。它们的作用是保持膜的稳定性并促进细胞识别。在所有真核细胞膜的表面上发现这些碳水化合物。它们从磷脂双层延伸到细胞外的含水环境中; 磷脂双层作为特定化学物质的识别位点，有助于保持膜的稳定性并使细胞彼此附着以形成组织。

第1步

画分子

以下是对这些术语的介绍：

1. **Glycoglycerolipids（甘油糖脂）**：也称糖基甘油酯，是二酰甘油分子C3上的羟基与糖基以糖苷键连接形成的化合物，是以甘油为共同组成成分、而糖分子直接或间接地通过磷酸结合在二甘油酯上的糖脂之总称。

2. **Galactocerebrosides（半乳糖脑苷脂）**：属于脑苷脂类，是由半乳糖与神经酰胺通过β-糖苷键连接而成的糖脂。主要存在于神经组织的细胞膜中，特别是髓鞘，在神经细胞的发育、分化和神经冲动的传导中发挥着重要作用。

3. **Glucocerebrosides（葡萄糖脑苷脂）**：是由葡萄糖与神经酰胺组成的糖脂。在人体细胞的细胞膜中广泛存在，参与细胞识别、信号传导等多种生理过程。当体内葡萄糖脑苷脂代谢异常时，会导致葡萄糖脑苷脂在细胞内堆积，引发戈谢病等疾病。

4. **Ganglio-series（神经节苷脂系列）**：是一类含有唾液酸的糖鞘脂，其糖链结构中通常包含半乳糖、N-乙酰半乳糖胺、葡萄糖等糖基以及唾液酸。在神经系统中含量丰富，对神经细胞的生长、发育、分化以及神经信号的传递和调节起着重要作用。

5. **Globo-series（球状系列）**：球状系列鞘糖脂是与细胞膜相关的抗原，拥有Galα1-4Gal（类似半乳二糖）链的结构特征，负责识别和细胞分化，也是志贺毒素和细菌外毒素（志贺类毒素）受体，构成p血型系统的基础。

6. **Iso-globo-series（异球状系列）**：是糖脂的一种系列，如异球四糖（Isoglobotetraose）属于异球状系列，其结构为GalNAcβ1-3Galα1-3Galβ1-4Glc。

7. **Lacto-series（乳糖系列）**：是糖鞘脂中的一类，此系列糖脂中与神经酰胺紧连的核心糖链具以下特征结构：Galβ1,3GlcNAcβ1,3Galβ1,4Glcβ1,1Cer。

8. **Neo-lacto-series（新乳糖系列）**：是乳糖系列糖脂的一种变体或衍生物，在结构上与乳糖系列有一定的相似性，但也存在一些差异，通常是在乳糖系列的基础上，糖链结构发生了一些变化，如糖基的连接方式或糖基的种类有所不同。

9. **Blood groups（血型）**：是根据红细胞表面抗原的不同来划分的。常见的血型系统有ABO血型系统和Rh血型系统等。血型抗原本质上是一些糖蛋白或糖脂，不同的血型抗原决定了不同的血型，在输血、器官移植等医学领域具有重要意义。

10. **Sulfoglycolipids（磺基糖脂）**：是含有硫酸基的糖脂，哺乳动物的磺基糖脂主要包括硫化物（SO3-3Gal-神经酰胺）和半脂类脂质（SO3-3Gal-烷基酰基甘油），在髓鞘形成、细胞识别、信号传导等生理过程中发挥着重要作用。

11. **Glycophosphatidylinositols（糖基磷脂酰肌醇）**：简称GPI，是细胞膜脂双层中的一类膜脂，很多膜外的蛋白质通过短的寡糖与包埋在脂双层外页中的糖基磷脂酰肌醇相连而被锚定在质膜的外侧，还与阵发性血红蛋白尿等疾病相关。

Ceramides：神经酰胺

Pl-Ceramides：可能是指 “磷脂酰神经酰胺（Phospholipid-Ceramides）”，但这种表述不太常见，一般常见的是 “Ceramide Phospholipids”。也有可能是某种特定语境下对神经酰胺的修饰或分类，需要更多上下文来准确判断。

Diacylglycerols：二酰甘油，也称为甘油二酯

Pl-Diacylglycerols：可能是指 “磷脂酰二酰甘油（Phospholipid-Diacylglycerols）”，同样，这不是一个非常标准或常见的表述方式，更常见的类似概念是 “Phosphatidylglycerol”（磷脂酰甘油）。不过根据构词法和上下文推测，可能是与磷脂相关的二酰甘油衍生物。

Acyl chain：酰基链

CER 160 (18:1/16:0) 表示的是一种神经酰胺（Ceramide，CER）类物质，以下是具体解读：

CER神经酰胺简写

160是/后的16:0合体

18:1，指的是18长度的碳链，加1个双键