Solution Builder

Solution Builder可帮助您生成一系列输入文件，用于在水溶剂环境中模拟分子的分子动力学。你可以

1.溶剂化你的分子或

2.生成仅用于其他目的的水箱。

解决方案生成器还指导您使用正交、六边形、八角形、圆柱形或球形水箱来确定系统的尺寸。

离子可以通过指定离子（NaCl、KCl、CaCl2和MgCl2）和浓度（C）添加到模拟盒中。离子的数量由离子可达体积（V）、系统的总电荷（Qsys）和正离子的价态（z+）自动确定，

N+ = CV - Qsys / (2e z+)

N- = z+CV + Qsys / 2e

中和系统总电荷，即z+N+-N-=-Qsys。通过从系统总体积中减去分子体积来估计离子可达体积V。

然后通过使用原始模型（即缩放库仑和范德华相互作用）的短蒙特卡罗（MC）模拟（2000步）确定离子的初始配置。

通过简单地更改输入中的nmc变量（步骤2.2_ions. inp），您可以在本地机器上执行更长的MC模拟。

请注意

如果您不熟悉第一个PDB阅读步骤，请先观看这些视频演示。

参考文献

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第1步