Martini Maker Solution Builder

Martini Solution Maker旨在使用Martini力场提供粗粒度解决方案模拟系统和输入。

CHARMM-GUI中可用的Martini力场有：

martini3.0.0: martini 3.0.0氨基酸、糖、碱基、磷脂、离子和非极化水。

elnedyn3.0.0：用于martini3.0.0的弹性网络模型。

martini22：Martini 2.2 氨基酸、Martini 2.0 脂质和非极化水。。

martini22p：martini 2.2 极性氨基酸、martini 2.0 脂质和可极化水。。

elnedyn22：动力学中的弹性网络。蛋白质、Martini 2.0 脂质和非极化水使用弹性网络。

elnedynp22：极性elnedyn蛋白、martini2.0脂质和可极化水。

martini生成器注意事项：

•仅为模拟提供GROMACS输入文件。

可用的分子包括蛋白质、脂质、水和离子。目前不支持脱氧核糖核酸、糖和聚合物。

•GROMACS输入文件与5.0或更高版本兼容。

参考文献

S. Jo, T. Kim, V.G. Iyer, and W. Im (2008)

CHARMM-GUI: A Web-based Graphical User Interface for CHARMM. J. Comput. Chem. 29:1859-1865

Y. Qi, H.I. Ingólfsson, X. Cheng, J. Lee, S.J. Marrink, and W. Im (2015)

CHARMM-GUI Martini Maker for Coarse-Grained Simulations with the Martini Force Field. J. Chem. Theory Comput. 11:4486-4494

第1步

第2步

第3步

第4步

将产生24个正离子和24个负离子。请注意，这是估计的离子数，因此实际离子数可能不同。

0 个正离子和 0 个负离子将被生成。请注意，这是估计的离子数量，因此实际离子数量可能不同。

第5步

第6步

第7步

第1步

这个地方只适合生物体系，非生物体系不适用