acpype使用

批量生成小分子拓扑文件，以便用于gmx动力学模拟

安装acpype

option 1：pip install acpype

option 2：conda install -c acpype acpype 

安装ambertools20

官网：

http：//ambermd.org/AmberTools.php

option 1：直接官网下载安装

option 2：conda install -c conda-forge ambertools

acpype -help

用法：

    acpype -i _file_ [-c _string_] [-n _int_] [-m _int_] [-a _string_] [-f] etc. 或

    acpype -p _prmtop_ -x _inpcrd_ [-d]

输出文件

output：假设“root”是顶部输入文件的基名、3个字母的残基名称或用户定义的（-b选项）

root_bcc_gaff.mol2：带有“bcc”电荷和“gaff”原子类型的最终mol2文件

root_AC.intcrd：AMBER的coord文件

root_AC.prmtop：AMBER的拓扑和参数文件

root_AC.lib：AMBER的残基库文件

root_AC.frcmod：修改力场参数

root_GMX.gro：GROMACS的coord文件

root_GMX.top：GROMACS的拓扑文件

root_GMX.itp：GROMACS的分子单元拓扑和参数文件

root_GMX_OPLS.itp：GROMACS的OPLS/AA摩尔单元拓扑和par文件（实验！）

em.mdp，md.mdp：运行GROMACS的参数文件

root_NEW.pdb：ACPYPE生成的最终pdb文件

root_CNS.top：CNS/XPLOR的拓扑文件

root_CNS.par：CNS/XPLOR的参数文件

root_CNS.inp：运行CNS/XPLOR的参数文件

root_CHARMM.rtf:CHARMM的拓扑文件

root_CHARMM.prm:CHARMM的参数文件

root_CHARMM.inp：运行CHARMM的参数文件

选项说明

-h：--help

显示此帮助消息并退出

-i INPUT, --input INPUT

输入扩展名为“.pdb”、“.mdl”或“.mol2”的文件名（如果未设置-p和-x，则必须输入）

-b BASENAME, --basename BASENAME

项目的基本名称（文件夹和输出文件）

-x INPCRD, --inpcrd INPCRD

输入值Amber的inpcrd文件名（始终与-p一起使用）

-p PRMTOP, --prmtop PRMTOP

Amber的prmtop文件名（始终与-x一起使用）

-c {gas,bcc,user}, --charge_method {gas,bcc,user}

电荷处理方法： gas, bcc (默认), user (用户的mol2文件中的电荷)

-n NET_CHARGE, --net_charge NET_CHARGE

净分子电荷（int），对于气体，默认值为0

-m MULTIPLICITY, --multiplicity MULTIPLICITY

自旋多重度（2S+1），默认值为1

-a {gaff,amber,gaff2,amber2}, --atom_type {gaff,amber,gaff2,amber2}

原子类型可以是gaff, gaff2, amber (AMBER14SB) 或amber2 (AMBER14SB + GAFF2), 默认是gaff

-q {mopac,sqm,divcon}, --qprog {mopac,sqm,divcon}

原子电荷计算方法am1-bcc flag, sqm (默认), divcon, mopac

-k KEYWORD, --keyword KEYWORD

mopac或sqm关键字，内引号

-f, --force

重新计算力拓扑

-d, --debug

出于调试目的，保留创建的任何临时文件

-o {all,gmx,cns,charmm}, --outtop {all,gmx,cns,charmm}

输出top类型：全部 (默认), gmx, cns 或 charmm

-z, --gmx4 

写RB二面体旧GMX 4.0

-t, --cnstop 

用所有hdg类参数编写CNS拓扑（实验）

-e {tleap,sleap}, --engine {tleap,sleap}

engine： tleap (默认) or sleap (未完全成熟)

-s MAX_TIME, --max_time MAX_TIME

sqm/mopac的最大时间（秒）容差，默认为10小时

-y, --ipython

启动ipython解释器

-w, --verboseless

不打印

-g, --disambiguate

消除GMX顶部文件中小写和大写原子类型的歧义

-u, --direct

对于“amb2gmx”模式，对任何溶剂进行直接转换

-l, --sorted

对原子进行GMX排序

-j, --chiral

为CNS中的手性原子创建不合适的二面角参数

使用

#默认电荷是bcc，默认力场为gaff

#输入test.pdb文件，输出符号标志符表示为sqm，输出类型为gmx相关

acpype -i test.pdb  -b sqm -o gmx

#输出文件名以及类型如下

em.mdp    md.mdp         sqm_AC.inpcrd  sqm_AC.prmtop      sqm_GMX.gro  sqm_GMX_OPLS.itp  sqm_GMX.top  sqm.mol2  sqm.pdb

leap.log  sqm_AC.frcmod  sqm_AC.lib     sqm_bcc_gaff.mol2  sqm_GMX.itp  sqm_GMX_OPLS.top  sqm.in       sqm.out   sqm.pkl