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扩展菜单Animation Optimize Geometry Molecular Mechanics Setup Force Field… Calculate Energy Conformer Search Constraints Ignore Selection Fix Selected Atoms Avogadro Extensions–Plugins General “How To” for Plugins Running Gaussian Molecular Orbitals QTAIM (Quantum Theory of Atoms in Molecules) Spectra… Create Surfaces… 扩展菜单是一个带有Avogadro的计算插件目录。这些插件可以与分子进行交互，生成用于量子码的输入文件对话框，并创建分子属性对话框。
Animation “Animation”选项将会打开如下所示的动画轨迹对话框。从这里你可以加载一个文件，查看和编辑动画，以及保存文件在PC兼容的格式。
Optimize Geometry “Optimize Geometry”提供一个快速，现实的分子使用分子力学再现。 Molecular Mechanics “Molecular Mechanics”允许您编辑一个分子的几何优化，使它最适合您的目的。
Setup Force Field… 选择“Setup Force Field…”后，将打开一个对话框。这个对话框提供了选择力场类型的能力，以及优化分子参数和偏好的算法。
Calculate Energy “Calculate Energy”确定每材料量的能量(kJ/mol)，并在弹出对话框中显示该数字。
Conformer Search “Conformer Search”是一种方便地搜索分子内构象的方法(对话框如下图所示)。关于如何执行conformer搜索的更详细的概述可在本手册的“Optimizing Geometry”部分中找到。Avogadro只呈现交错构象，而不计算环构象。
Constraints “Constraints” 是在各种选择中确保原子稳定性的一种方法(对话框如下所示)。可以应用于分子的约束包括忽略原子、固定原子、固定原子X、固定原子Y、固定原子Z、距离、角度和扭转角。关于如何使用约束特性的详细概述可在本手册的“Optimizing Geometry”部分中找到。
Ignore Selection “Ignore Selection” 允许您选择一个分子的特定部分，以省略在一个几何优化。 Fix Selected Atoms “Fix Selected Atoms” 还允许您设置一个分子的某一部分，以在优化期间固定。 Avogadro Extensions–Plugins Avogadro 为你提供了与其他基于对话框的插件连接你的分子的能力。这些扩展与分子相互作用，提供进一步的分子信息和额外的计算能力。这些插件包括但不限于GAMESS、Abinit、Dalton、GAMESS- uk、Gaussian、MOLPRO、MOPAC、NWChem、PSI4、Q-Chem和LAMMPS。 General “How To” for Plugins Avogadro (正如你将看到下面)可以用来显示分子轨道，QTAIM，光谱，以及创建表面。然而，如果不首先运行上一节中列出的插件之一，许多这些特性就不能充分发挥它们的潜力。高斯是最常用的插件之一，因为它的基集/函数范围很广。 Running Gaussian 从Extensions菜单中选择“Gaussian”之后，将出现如下所示的对话框。您可以编辑对话框，并添加特定的关键字，在Avogadro以利用这些功能。例如，在对话框中输入“freq”将计算力常数和振动频率。更多关于高斯关键词的信息可以在高斯网站上找到(http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/l_keywords09.htm)。然后单击generate将文件保存到您的计算机中，这样您就可以在外部软件中运行该文件。
一旦通过外部软件运行了该文件，您将拥有一个.g03或.g09文件，该文件将打开屏幕右侧工具栏中的关键字选择。“Freq”将打开如下所示的振动工具栏。
Molecular Orbitals “Molecular Orbitals”选项 将显示带有完整状态栏的轨道的分子轨道。轨道的质量可以根据需要进行调整和重新配置。此功能只适用于运行高斯扩展文件(。fchk， .g03， .g09等)。
QTAIM (Quantum Theory of Atoms in Molecules) QTAIM显示了有机晶体中氢之间的隐式键合(隐式键合通过点来传递)。这个显示类型是通过从“Extensions”菜单下的“QTAIM”，“Molecular Graph”选项中导入一个.wfn文件来使用的。选择“Molecular Graph with Lone Pairs” 或 “Atomic Charge”将提供有关分子的并行信息。有关此过程的更多信息，请参阅本手册的教程部分。
Spectra… 点击“Spectra…”将创建一个.g03或.g09文件的光谱可视化，该文件已运行关键字“freq”。通过选择“Show Spectra…”，也可以通过振动工具栏创建光谱可视化。
Create Surfaces… “Create Surfaces…” 允许您查看Van der Waals，静Electrostatic Potential, Electron Density, Molecular Orbital Surfaces。观察的表面类型选项取决于之前对分子的计算类型。您打开/创建的文件类型允许或多或少的表面查看选项(通常在Avogadro扩展插件中讨论)。此功能还允许您编辑颜色、分辨率和iso值，以进一步增强您的表面。
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