构建聚合物单元

使用Avogadro和对齐工具创建(聚合物)晶胞的演练。这个特定的例子使用了高斯函数，但是其他程序的平移向量可以用类似的方法来执行。

为晶胞构建分子。请注意，这里的重复单元是2个环，而我们已经构建了3个环。这样，我们将正确地建立跨越两个晶胞的键的模型。

优化分子的几何结构。

切换到Align工具来转换和定位晶胞坐标。

确保打开Tool Settings窗口，这样就可以使用对齐工具了。

首先点击“start”原子的聚噻吩。这个原子将被平移到原点(0,0,0)，然后点击“next”晶胞中相应的原子。这两个原子之间的距离将决定晶胞中的一个轴。

在“Align Settings”窗口中，为晶胞定义一个轴。然后点击对齐按钮。这将更改坐标集，使原子#1位于原点，原子#2(从上面的步骤开始)投影到x轴上。

打开Cartesian Editor窗口以验证对齐操作的结果。

注意，原子#1位于原点，原子#11投射到x轴上。晶胞的大小是7.806 Å，即1号原子和11号原子之间的距离。

现在删除不应该包含在晶胞计算中的“extra”原子。这包括第三环(包括11号原子)和“end”氢原子。例如，您可以使用选择工具并拖动要删除的原子来选择它们。

一旦选中，您可以使用“Clear”菜单命令删除原子。

如果你想提交晶胞到Gaussian，选择Gaussian输入扩展。

根据您的需要设置选项。确保在预览文本的底部添加一个TV 7.806 0.0 0.0”行。这将通过设置晶胞的平移向量来启用晶胞计算。