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构建大型晶胞一些模拟使用“supercells”——比原始单元更大的周期边界系统。这是一个将大型超晶胞还原为原胞(primitive unit cell)的过程。
在这里使用supercell打开或导入文件,即CaCO3。注意,空格组是未知的,因为该文件来自VASP,而VASP没有使用坐标指定空格组。
在感知到空间群后,我们正确地看到该系统是R-3c。现在我们可以将超晶胞简化为CaCO3的原始晶胞。
Avogadro提供了两种算法,用于将晶胞简化为原始或Niggli晶胞。在这里,选择“Primitive”。请注意,这个超级单体的体积超过4000Å3。
您需要为笛卡尔坐标设置公差(此处以Å为单位)。 还原后,注意保留了空间群,晶格是适当的菱形,晶胞体积小了36倍。 |



