top总内容格式

全局定义

[ defaults ] 拓扑文件(Topology File)格式定义整个系统的非键相互作用类型和规则

[ atomtypes ] 定义原子类型，以及额外的非键项和pair项参数

[ bondtypes ] 定义两种原子类型间的键伸缩参数

[ pairtypes ] 定义两种原子类型间的1-4 L-J参数

[ angletypes ] 定义三种原子类型间的弯曲项参数

[ dihedraltypes ] 定义四种原子类型间的二面角参数

[ constrainttypes ] 定义两种原子类型间的约束参数

[ nonbond params ] 定义两种原子类型间的长程L-J参数

定义分子

[ moleculetype ] 在这个.top/.itp文件中定义一个新的分子，并包含排除该分子中非键相互作用

[ atoms ] 定义原子序号、原子类型、残基序号、残基名称、原子名称、电荷组号、原子电荷和质量

[ bonds ] 定义两个原子之间的键伸缩势能参数

[ pairs ] 定义L-J和Coulomb 1-4相互作用

[ angles ] 定义三个原子之间的弯曲势能参数

[ dihedrals ] 定义四个原子之间的二面角势能参数

[ exclusions ] 排除第一个原子和所有其他选定原子之间的非键合相互作用

[ virtual sites? ] 定义系统中的虚拟位点，?代表构成虚拟位点的粒子数量

[ position restraints ] 对选定粒子施加谐振势或平底势约束，使其保持在参考位置

[ distance restraints ] 对粒子对施加距离约束

[ angle restraints ] 对两对粒子之间的夹角施加约束

[ angle restraints z] 对粒子对与z轴之间的夹角施加约束

[ dihedral restraints ] 对选定的二面角施加约束，使其保持在参考值

[ orientation restraints ] 对分子内矢量之间的取向施加约束

[ constraints ] 在两个粒子之间添加约束

定义体系

[ system ]

系统的标题

[ molecules ]

定义系统中出现的各个分子的数量，这里的每个名称必须与拓扑文件中出现的[moleculetype]名称相对应

[ intermolecular interactions ]

定义并指定特殊的分子间相互作用包括正常的键合相互作用类型([ bonds ]、[ angles ]、[ dihedrals ])使用全局原子序号

*蓝色是不一定需要的内容