文件布局说明

• 分号;和换行符之间为注释

• 忽略 \ 后的换行符，即 \ 为续行符。

• [ 和 ] 之间为指令

• 拓扑等级（必须遵循）包含三个层次：

– 参数级别，定义了一些力场的设定（参见 表 5.13）

– 分子级别，应包含一个或多个分子的定义（参见 表 5.14）

– 系统级别，只包含系统的特定信息（[ system ] 和 [ molecule ]）

• 每一条目应使用空格或制表符分隔，而不能使用逗号

• 分子中的原子应该从 1 开始连续编号

• 同一电荷组中的原子必须连续列出

• 文件只解析一次，这意味着无法处理向前引用：必须先定义项才能使用

• 可以从键生成排除，也可以手动设置

• 可以由原子类型产生成键力的类型，也可以对每条键设置

• 在同一原子上可以使用多个相同类型的成键相互作用

• 强烈建议使用描述性的注释行和空行

• 自 GROMACS 3.1.3 版本起，参数级别的所有指令可以使用多次，并且没有顺序限制，但必须先定义原子类型，然后才能在其他参数定义中使用

• 对相同的原子类型组合，如果某个相互作用的参数定义了多次，会使用最后定义的参数；自GROMACS 3.1.3 版本起，参数若存在不同值的重定义，grompp会给出警告

• 在 [ moleculetype ] 之前使用 [ atoms ]，[ bonds ]，[ pairs ]，[ angles ] 等指令没有意义，会导致警告

• 在 [ system ] 之前使用 [ molecule ] 指令没有意义，会导致警告。

• 在 [ system ] 之后唯一允许使用的指令是 [ molecules ]

• 在 [ ] 中使用未知的字符串会忽略直到下一指令的所有数据，并导致警告