[ bondtypes ]-键参数

对大多数相互作用类型，搜索和指定成键参数时，会对所有类型名称进行精确匹配，并且只允许一组参数。此规则的例外是二面角参数。

对 [ dihedraltypes ] 可以使用字母 X 作为原子类型名称的通配符，它可以用于四个位置中的一个或多个。

例如，可以根据中间两个原子的类型来指定正常二面角的参数。处理时会使用匹配最精确的条目的参数，即使用通配符匹配最少的条目。注意，GROMACS 5.1.3 之前的版本使用首次匹配，这意味着，如果完全匹配项位于通配符匹配项的前面，那它将被忽略。因此，建议将通配符匹配条目放在最后，以防有人使用旧版本 GROMACS 的力场。此外，二面角类型 9 可以指定多个二面角势能，这适用于将具有不同多重度的多个项组合起来。不同的二面角势参数集应该位于 [ dihedraltypes ] 节段中直接相邻的行。

[ bonds ] : 无需说明。

[ pairs ] : LJ 和库仑的 1-4 相互作用

[ angles ] : 无需说明

[ dihedrals ] : 在此示例中，有 9 个正常二面角（函数类型为 1），3 个反常二面角（函数类型为 4），没有 Ryckaert-Bellemans 型二面角。如果要在拓扑中包含 Ryckaert-Bellemans 型二面角，请遵照下面的格式（示例为癸烷）:

在烷烃势能的最初实现方法中，没有使用 1-4 相互作用，这意味着为了使用这个特定的力场，你需要从拓扑文件的 [ pairs ] 节段中移除 1-4 相互作用。在大多数现代力场中，如 OPLS/AA 或 Amber，使用了不同的规则，Ryckaert-Bellemans 势作为余弦级数与 1-4 相互作用组合起来。

成键参数（即键长，键角，反常和正常二面角）列在 ffbonded.itp 文件中。这个数据库中的条目分别给出了参与相互作用的原子类型，相互作用的类型以及与该相互作用有关的参数。

当处理拓扑时，grompp程序会读取这些参数，并将其应用到相关的成键参数中，例如 bondtypes 会应用到 [ bonds] 节段中的条目，其他的类似。

相关的：[ *type ] 节段缺失任何成键参数都会导致致命错误。相互作用的类型列于 表 5.14。下面是从这些文件中摘录的示例：

在 ffbonded.itp 文件中，你可以添加成键参数。如果你想为新的原子类型增加参数，请确保你已经在atomtypes.atp 中定义了它们。