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[ intermolecular_interactions ]-分子间相互作用在某些情况下，人们希望不同分子中的原子之间也存在其他的相互作用，而不仅仅是通常的非键相互作用。 在有关结合的研究中，这种情况很常见。当分子共价结合时，例如，配体与蛋白质共价结合时，它们实际上等同于一个分子，应该定义在同一个 [ moleculetype ] 条目中。 注意，pdb2gmx有一个选项，可以将两个或多个分子置于同一 [ moleculetype ] 条目中。 当分子间不是共价结合时，使用单独的 moleculetype 定义，并在 [ intermolecular_interactions ] 部分指定分子间的相互作用更加方便。 在位于拓扑文件（见 表 5.13）末尾的这一部分中，可以使用全局原子索引来指定正常的成键相互作用。唯一的限制是不能使用可以生成排除的相互作用，也不能使用约束。 上一篇文件布局说明下一篇[ moleculetype ] |