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[ defaults ]• nbfunc: 非键函数类型。可以设置为1(Lennard-Jones)或 2(Buckingham) • comb-rule: 组合规则的编号。 • gen-pairs: 用于配对的生成。默认为 no,即从配对类型列表中获取 1-4 相互作用参数。如果列表中不存在参数,则给出致命错误并停止运行。当设置为 yes 时,会使用 fudgeLJ 的值根据正常Lennard-Jones 参数生成配对列表中不存在的 1-4 相互作用参数 • fudgeLJ: Lennard-Jones 1-4 相互作用的修正因子,默认值为 1 • fudgeQQ: 静电 1-4 相互作用的修正因子,默认值为 1 • N为 6-N势中排斥项的次数(只用于非键类型的 Lennard-Jones),自 GROMACS 4.5 版本起,grompp会读取并使用N,当其值不等于 12 时,会使用表格相互作用函数(在旧版本中,你必须使用用户自定义的表格相互作用)。 注意,gen-pairs,fudgeLJ,fudgeQQ 和N都是可选的。只有当 gen-pairs 设置为 yes 时才会使用fudgeLJ,但始终会使用 fudgeQQ。不过,如果想指定N,你也需要给出其他参数的值。
comb-rule/非键参数组合规则 注意,GROMACS 自带的大多数力场都包含 at.num. 列,但相同的信息在 OPLS-AA 力场中隐含在bond_type 列。参数 V 和 W 的含义取决于拓扑文件 [ defaults ] 节段中选择的组合规则 相同原子 对组合规则1:
组合规则2和3:
不相同原子 对组合规则1和3:
组合规则2:
对Buckingham势只有一种组合规则:
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