gmx hbond

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -num hbnum.xvg -g hbond.log -ac hbac.xvg  -dist  hbdist.xvg -ang hbang.xvg  -hx hbhelix.xvg  -hbn  hbond.ndx -hbm hbmap.xpm -don donor.xvg -dan danum.xvg -life hblife.xvg -nhbdist nhbdist.xvg

全部执行会发现很多东西无法进行执行

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -num hbnum.xvg

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -g hbond.log(没有生成hbond.log，而是生成hbnum.xvg)

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr  -ac hbac.xvg(还是会生成hbnum.xvg) 

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr  -dist  hbdist.xvg

 -ang hbang.xvg  -hx hbhelix.xvg  -hbn  hbond.ndx -hbm hbmap.xpm -don donor.xvg -dan danum.xvg -life hblife.xvg -nhbdist nhbdist.xvg

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr  -ang hbang.xvg(还是会生成hbnum.xvg)

  -hx hbhelix.xvg  -hbn  hbond.ndx -hbm hbmap.xpm -don donor.xvg -dan danum.xvg -life hblife.xvg -nhbdist nhbdist.xvg

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -hx hbhelix.xvg

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -hbn hbond.ndx(还是会生成hbnum.xvg)

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -hbm hbmap.xpm

gmx xpm2ps -f hbmap.xpm -o hbmap.eps -rainbow blue

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -don donor.xvg（没有计算出来）

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -dan danum.xvg

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -life hblife.xvg

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -nhbdist nhbdist.xvg(还是会生成hbnum.xvg)

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -da yes -num hbnum1.xvg

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -da no -num hbnum2.xvg

使用距离分析供体-受体（yes）或氢-受体（no）

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -nitacc yes  -num hbnum1.xvg

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -nitacc no -num hbnum2.xvg

如果N不作为受体肯定会减少

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -temp 500  -num hbnum1.xvg

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -temp 0  -num hbnum2.xvg

gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -temp 200  -num hbnum3.xvg