gmx sasa

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area.xvg -odg dgsolv.xvg -or resarea.xvg -oa atomarea.xvg -tv volume.xvg -q conolly.pdb   

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -q conolly.pdb  -surface 'group p5' -output '"Hydrophobic" group p5 and charge {-0.2 to 0.2}' 

使用了-output还是可以使用其他的输出选项

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area.xvg -q conolly1.pdb -probe 0.14

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area.xvg -q conolly2.pdb -probe 0.5

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area.xvg -q conolly3.pdb -probe 1  

使用的probe数值越大，检测的表面会越大

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area1.xvg -q conolly1.pdb -ndots 10

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area2.xvg -q conolly2.pdb -ndots 24

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area3.xvg -q conolly3.pdb -ndots 50  

24以下点数一样，超过增多，计算值会加大

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area1.xvg -q conolly1.pdb -selrpos atom

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area2.xvg -q conolly2.pdb -selrpos res_com

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area3.xvg -q conolly3.pdb -selrpos res_cog

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area4.xvg -q conolly4.pdb -selrpos mol_com

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area5.xvg -q conolly5.pdb -selrpos whole_res_com

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area6.xvg -q conolly6.pdb -selrpos part_res_com

gmx sasa -f npt.trr -s npt.tpr -o area7.xvg -q conolly7.pdb -selrpos dyn_res_cog

没有啥明细区别