gmx rdf

whole的意思是你选中了一个分子/残基的一部分，他会去计算整个分子/残基的质心

dyn就是你选中多少算多少的

比如你用距离选中了一批原子，但是有的残基只选中了一半，那dyn就只算哪一半的

part的意思就是找交集，比如你选的在一个残基里就选这个残基，你选的在一个分子里就选中整个分子

part和dyn只有动态选区才会有区别

否则part就是dyn

比如你选择一个位置附近多少的原子

dyn是每次都准确选择你选择范围里的原子

其实有点像VMD的那个轨迹更新选择

mol_com与whole_mol_com是一个意思

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf1.xvg -cn rdfcn1.xvg 

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf2.xvg -cn rdfcn2.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf2-2.xvg -cn rdfcn2-2.xvg -selrpos mol_cog  -seltype mol_cog

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf3.xvg -cn rdfcn3.xvg -selrpos dyn_mol_com  -seltype mol_com

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf4.xvg -cn rdfcn4.xvg -selrpos mol_com  -seltype dyn_mol_com

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf5.xvg -cn rdfcn5.xvg -selrpos dyn_mol_com  -seltype dyn_mol_com

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf6.xvg -cn rdfcn6.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com -rmpbc

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf7.xvg -cn rdfcn7.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com -rmpbc -pbc

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf8.xvg -cn rdfcn8.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com -bin 0.01

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf9.xvg -cn rdfcn9.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com -norm number_density

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf10.xvg -cn rdfcn10.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com -norm none

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf11.xvg -cn rdfcn11.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com -xy

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf12.xvg -cn rdfcn12.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com -cut 1

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf13.xvg -cn rdfcn13.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com -rmax 3

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf14.xvg -cn rdfcn14.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com -cut 1 -rmax 3

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf15.xvg -cn rdfcn15.xvg -surf mol

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf16.xvg -cn rdfcn16.xvg -excl

gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -o rdf17.xvg -cn rdfcn17.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com -rmpbc

gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -o rdf18.xvg -cn rdfcn18.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com -rmpbc -pbc

gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -o rdf17-2.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com

选择OW和OW

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf19.xvg -cn rdfcn19.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com -n index.ndx

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf20.xvg -cn rdfcn20.xvg -selrpos dyn_mol_com  -seltype mol_com -n index.ndx

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf21.xvg -cn rdfcn21.xvg -selrpos mol_com  -seltype dyn_mol_com -n index.ndx

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf22.xvg -cn rdfcn22.xvg -selrpos dyn_mol_com  -seltype dyn_mol_com -n index.ndx

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf23.xvg -cn rdfcn23.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_cog -n index.ndx

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf24.xvg -cn rdfcn24.xvg -selrpos mol_cog  -seltype mol_com -n index.ndx

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf25.xvg -cn rdfcn25.xvg -selrpos mol_cog  -seltype mol_cog -n index.ndx

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf26.xvg -cn rdfcn26.xvg -selrpos part_mol_com  -seltype part_mol_com -n index.ndx

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf27.xvg -cn rdfcn27.xvg -selrpos part_mol_com  -seltype mol_com -n index.ndx

gmx rdf -f md-pbc.xtc -s md.tpr -o rdf28.xvg -cn rdfcn28.xvg -selrpos mol_com  -seltype part_mol_com -n index.ndx

如果是非原子体系不设置com或者cog会把键也算上去，所以1的数目会比2多很多

选项-cn生成RDF累积数, 也就是在r距离范围内的平均粒子数

在这个体系里面就搞笑了，mol_com与dyn_mol_com无论是作为参考系还是计算体系，卧槽，都一样

-rmpbc与-pbc和上面的组合都一样

加大了bin,趋势一样，就是缩小了点，往前移动了一点，因为搜索的间隔发生了一定的变化

number_density(对体积和密度进行归一化)与rdf也是一样的趋势，后续都会趋近于水平线，rdf趋近于1加none就是冇得归一化操作，不断上涨

11是因为分析xy这个平面没有分析z所以少很多

12是表示我就分析1nm之后的

13是表示我最多分析3nm以内的

14表示就是12与13的交集部分

-rmpbc -pbc 这2玩意还不知道啥意思

没看出啥区别啊

-rmpbc -pbc 这2玩意还不知道啥意思没看出啥区别啊

因为处理周期与不处理也没看出啥区别

处不处理周期性轨迹，好像看不出太多毛病

2-2说明可能是6p的水分子质心与几何中心是一样的

因为测试的是原子OW，所以尼玛的质心与几何中心是一样的

是不是因为OW既是质心又是几何中心

gmx rdf -f npt.gro -s md.tpr -o rdf1.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com

gmx rdf -f npt.gro -s md.tpr -o rdf2.xvg -selrpos mol_cog  -seltype mol_cog

gmx rdf -f npt.gro -s md.tpr -o rdf3.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_cog

gmx rdf -f npt.gro -s md.tpr -o rdf4.xvg -selrpos mol_cog  -seltype mol_com

gmx rdf -f npt.trr -s md.tpr -o rdf5.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com

gmx rdf -f npt.trr -s md.tpr -o rdf6.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com -rmpbc

gmx rdf -f npt.trr -s md.tpr -o rdf7.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com -normpbc

gmx rdf -f npt.trr -s md.tpr -o rdf8.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com -normpbc -nopbc

gmx rdf -f npt.trr -s md.tpr -o rdf9.xvg -selrpos mol_com  -seltype mol_com -nopbc

如果质心与几何中心差不多位置时，当参考组一样时，无论计算组是质心还是几何心，结果都是一样的，如果参考组不一样，结果还是会有区别的。

所以说为啥我们的轨迹数目需要一定的数量

-rmpbc -pbc设置了默认的yes，所以要想看区别用此前面加no