gmx insert-molecules

gmx editconf -f 2m05.pdb -box 3 3 3 -o box.gro

gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 100 -o box1.gro 

gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 2000 -o box2.gro

分子太多了，空间不够插入不了这么多，所以使用这个命令的时候一定要注意是否插入满

gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 400 -o box3.gro -box 1 1 1

gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 400 -o box4.gro -box 5 5 5

-box会重新修改盒子尺寸大小，所以在使用的注意没盒子的时候进行添加盒子，有就别用了  

gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 1000 -o box5.gro -scale 2

gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 1000 -o box6.gro -scale 1

gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 1000 -o box7.gro -scale 0.2

-scale默认值0.57，变大变小会对插入的物质进行发生变化，如果输入0.2变小，本来只能插入900个水分子，那么水就会发生变形

gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 500 -o box8.gro -rot xyz

gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 500 -o box9.gro -rot z

gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 500 -o box10.gro -rot none

-rot随机旋转插入分子, 可用选项: xyz, z或none，明显可以看到选择none，不选择旋转插入分子，插入的h2o显示一个方向，选择z的会有大部分朝向。

gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 10 -o box11.gro -ip positions.dat

-ip 添加.dat文件，这个文件共3列，表示xyz的坐标，告诉插入分子按照这个来，如果遇到没有空间，那么就不能插入

写.dat可以用notepad++来写,下图就只插入8个h2o分子，因为没有空间，所以有2个没法插入

gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 10 -o box12.gro -ip positions.dat -dr 10 10 10

-dr 相对-ip文件中的位置, 在x/y/z方向允许的最大偏离位移,加的太大就会超出盒子10表示是10nm

gmx insert-molecules -f box.gro -ci h2o.gro -nmol 2000 -o box13.gro

gmx insert-molecules -f box13.gro -ci .\pfha.pdb -nmol 100 -o box14.gro -replace "resname h2o" -selrpos mol_com

该方法就是将溶剂分子再一次被替换掉，其中-selrpos mol_com该选择影响很多时候不大，我也不知道何时用