这个地方常规的MD做不了的,就不要问这个地方怎么建模了
先去考虑一下你打算后续使用什么方法来处理吧
如果要研究反应就用反应动力学去做
如果你要研究聚集,常规MD即可
如果你需要同时都研究,考虑清楚你的钞票和服务器
因为反应动力学比常规的慢很多
研究的数目也少