3.2观察分子：肌红蛋白

在我们对VMD的快速游览中，我们将从展示它的一些可视化特征开始。要加载新分子，选择新分子...从主窗口的文件菜单，这将打开文件窗口。我们将加载一个包含肌红蛋白原子坐标的PDB(Protein Data Bank)文件(由洛斯阿拉莫斯国家实验室的Joel Berendzen提供)。选择浏览...按钮打开文件浏览器。进入从VMD网站下载的教程数据集的蛋白质/目录。到达后，在文件浏览器中选择文件mbco.pdb，并按下分子文件浏览器中的加载按钮。“文件”窗口中的。图3.1显示了展示这种蛋白质的VMD的例子。

您可以使用鼠标来操作显示窗口中的结构。有三种基本的鼠标模式:旋转、平移和缩放。可以从主窗口中的鼠标菜单更改模式，或者当鼠标在图形窗口中时按键盘上的r、t或s键。实验时，注意光标如何变化以指示鼠标模式。在旋转模式下，鼠标左键控制绕平行于屏幕的轴的旋转，鼠标中键控制绕垂直于屏幕的轴的旋转。在平移模式下，鼠标左键控制平行于屏幕的平移，而中键控制屏幕内外的平移。最后，在缩放模式下，当鼠标向左或向右移动时，左按钮和中按钮都控制全局缩放，但中按钮会导致更大的变化。

默认情况下，分子显示为“lines”表示，按原子类型着色。假设你想观察肌红蛋白结构，其蛋白质骨架表示为tube，血红素表示为licorice，SO4离子和CO分子表示为van der Waals，组氨酸64和93表示为CPK模型。首先，通过选择VMD主窗口图形菜单中的表示选项，打开图形窗口。在所选原子文本输入区中键入backbone，然后按“enter”键选择肌红蛋白骨架。除了主链以外，所有的蛋白质都会消失。在“绘制方法选择器”中选择“NewCartoon”,以将主干显示为tube状体，并在“着色方法选择器”中选择“结构”,以预定义的次级结构颜色对tube状体进行着色。按“ Create Rep”按钮。这将在浏览器中创建一个与原始表示相同的新表示。新的表示可以在不影响其他表示的情况下进行更改，因此清除原子选择文本区域并输入resname HEM来选择主题。此时血红素是不可见的，因为它不能被绘制成卡通，所以选择“licorice”绘制方法使它出现。再次单击“新建”以创建新视图，并输入resname SO4 CO以选择SO4离子和CO分子，然后选择绘制方法“VDW”将其渲染为van der Waals。再次按下Create Rep按钮并输入resid 93 64以选择两个组氨酸，并将其呈现为“CPK”。如果你遵循了所有这些，那么恭喜你，你已经做出了肌红蛋白的美好形象！通过进一步的实验，你应该可以很好地学习如何使用VMD。

图3.1:显示肌红蛋白的VMD片段。