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3.4快速动画时间：2025-06-14 VMD的另一个优势在于它能够回放由分子动力学模拟产生的轨迹。一个轨迹样本，丙氨酸。dcd在VMD包含的蛋白质目录中提供。如前所述，打开分子文件浏览器来加载它。接下来单击Browse按钮并选择alanin。文件浏览器中的PSF文件。选中后，按Load按钮加载结构文件。接下来，选择丙氨酸。DCD文件并加载它。这将读取DCD轨迹框架到与先前装载的丙氨酸相同的分子中。psf文件。 在显示窗口中，您应该看到真空中丙氨酸残留的模拟。它不是特别有用，但你可以很容易地看到，在一个孤立的环境中，结构是相当不稳定的。加载DCD文件后，动画将停止。要再次看到它或微调播放，使用在主VMD窗口底部的动画控件[§5.4.3]。按下看起来像>的按钮来播放动画。使用窗口底部的速度滑块来更改播放速度。通过旋转分子等，你应该了解系统在模拟过程中是如何不稳定的。动画控制通常类似于你在DVD或CD播放器上看到的。
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